История Маронитской церкви до эпохи Крестовых походов документирована скудно. Изначально марониты были широко распространены в городах Сирии (исследователям известны их конфликты с православными в Халебе, Манбидже, Эдессе). Однако под давлением конкурирующих исповеданий и в результате политических смут ареал расселения маронитов сжимался. По состоянию на конец XI в. они концентрировались в Северном Ливане и Центральной Сирии; впоследствии Горный Ливан стал единственным очагом маронитской общины. После разрушения монастыря святого Марона в 938 г. маронитская патриаршая резиденция была перенесена в монастырь Пресвятой Богородицы в Янухе близ Джубайля (Библа). К XI в. исследователи относят древнейший маронитский догматико-канонический сборник, известный под названием «Книга руководства». Он состоит из двух независимых произведений, долгое время считавшихся частями одного сочинения. Первое из них («Книга совершенства») посвящено вопросам веры (триадология и учение о Боговоплощении), молитвы, поста и десятины/подаяния. Как композиция текста, почти повторяющая структуру пяти столпов ислама, так и характер догматических тем, в раскрытии которых автор опирался на восточно-сирийских богословов Илию бар Шинайю и Абдаллаха ибн ат-Тайиба аль-Ираки, свидетельствуют о возможном скрытом полемическом характере сочинения. Второй текст, («Номоканон»), представляет собой собрание канонических установлений, переведённых с сирийского языка. При патриархе Юсефе I аль-Джерджесси началось сотрудничество маронитов с крестоносцами, велись переговоры о признании маронитами духовной власти Римского папы. Представителей Маронитской церкви включили в делегацию, посланную в 1100 г. Готфридом Бульонским к понтифику с известием о победоносном взятии Иерусалима. Одновременно в Риме планировали отправить папскую инспекцию на Ливан для выяснения правоверия маронитов, в котором у Папского престола были серьёзные сомнения. Архиепископ Вильгельм Тирский писал, что марониты возвратились к «истинной вере» только в 1182 г., заключив унию с латинским Антиохийским патриархом Аймериком из Лиможа, а до того придерживались монофелитства в течение пяти веков; по его словам, 40 тыс. маронитов жили в епископствах Библ (Джубайль), Ботрис (Эль-Батрун) и Триполи, на территории современного Ливана. Патриарх Бутрос I (упоминается в 1121 г.) имел резиденцию в обители Пресвятой Богородицы Илиджской в Майфуке. При папе Римском Иннокентии III (1198–1216 гг.) часть клира и паствы Маронитской церкви пыталась разорвать союз с крестоносцами. Смуте способствовали прояковитские симпатии маронитов севера, стремившихся сохранять обрядовую самобытность. Верные Риму маронитские патриархи старались не допускать перехода паствы в Сирийскую яковитскую церковь. Маронитский патриарх Иеремия II аль-Амшити был участником четвёртого Латеранского собора (1215 г.).