В начале XIV в. в Горный Ливан, особенно в область Кесруан, были направлены несколько мамлюкских карательных экспедиций. Исследователи полагают, что марониты были среди тех общин, которые пострадали в ходе этих кампаний. Новое преследование пришлось на вторую половину 1360 гг., когда мамлюки воевали с Кипрским королевством. После нападения кипрского флота на ливанское побережье патриарх Гавриил II Хджула в апреле 1367 г. был сожжён заживо близ Триполи. Мамлюки разорили ряд маронитских монастырей, разрушили церкви, уничтожили виноградники. Многие земли маронитских крестьян были отданы мамлюкским эмирам Дамаска в качестве земельного пожалования – икта. Община ливанских маронитов имела своих светских нотаблей-мукаддамов, подотчётных наибу (наместнику) Триполийской провинции. Власть мукаддамов передавалась по наследству внутри нескольких родов, назначение происходило с согласия наиба. Наряду со светским титулом мукаддамы обычно получали сан иподиаконов (субдиаконов) или диаконов (шаммасов). Эта практика, рассчитанная на поддержку мукаддама авторитетом Маронитской католической церкви, не раз приводила к обратному результату – вмешательству светской знати в церковные дела. Отношения маронитской общины с Римом были восстановлены при папе Римском Евгении IV (1431–1447 гг.). На Ферраро-Флорентийском соборе (1438–1439 гг.) маронитского патриарха представлял францисканский монах Хуан. Он передал папе обращение, в котором патриарх Юханна VIII аль-Джаджи и маронитские епископы заверяли понтифика в преданности и заранее поддерживали постановления Собора, и привёз в Ливан папское послание с признанием Юханны законным Антиохийским патриархом. Это обеспокоило мусульманские власти, которые заподозрили маронитов в желании заключить политический союз с христианскими державами. Мамлюкский отряд разрушил маронитскую патриаршую резиденцию в Майфуке, и в 1440 г. она была перенесена в долину Кадиша, в Каннубинский монастырь Божьей Матери Ливанской, ставший резиденцией 24 патриархов (до 1823 г.). В 1440 г. патриарх Юханна аль-Джаджи направил в Рим другого францисканского монаха из Бейрута – Петра Феррарского. В своём письме патриарх благодарил папу за утверждение в сане, выражал согласие с решениями Ферраро-Флорентийского собора и просил направить к маронитам католических учёных-богословов для преподавания религиозных дисциплин. В качестве религиозного наставника для маронитов Рим утвердил Петра и другого францисканца – Антония. Пётр Феррарский был назначен апостольским комиссаром в 1444 г., и его полномочия распространялись как на маронитов, так и на других униатов. Патриарху Юханне аль-Джаджи наследовал Якуб III (1445–1468 гг.), который продолжил курс на поддержание тесных контактов с Римом; ему адресованы послания Римских пап Николая V (1447 г.) и Каллиста III (1455 г.). После падения Константинополя (1453 г.) к Крестовому походу против турок призывали папы Римские Николай V (1447–1455 гг.), Каллист III (1455–1458 гг.), Пий I (1458–1464 гг.). Устремления на Восток, а также желание воплотить в жизнь Флорентийскую унию, заключённую в 1439 г., побуждали Римских понтификов искать поддержки у восточных христиан. Не случайно именно в этот период усилилось внимание католической церкви к маронитам.