Произведения Мария Меркатора сохранились в единственной рукописи IX в., в современной науке известной как «Codex Palatinus». Ещё одна рукопись, которая хранилась в Бове и использовалась издателями в XVII в., в настоящее время утрачена. Первое полное издание трудов Мария Меркатора было осуществлено католическим богословом, церковным историком и патрологом Жаном Гарнье (1612–1681 гг.), основным предметом научных интересов которого была история пелагианских споров. Ж. Гарнье отказался от следования порядку произведений в рукописи, распределив их на два основных раздела: антипелагианские и антинесторианские; взятые из рукописи тексты он сопроводил обширными историческими и богословскими введениями, «рассуждениями» («dissertationes») и комментариями, а также дополнительными материалами, заимствованными из других источников. Хотя исследование Ж. Гарнье было выполнено на высоком для XVII в. научном уровне, в настоящее время многие сообщаемые им сведения и сделанные на их основе выводы признаются исследователями неточными или ошибочными (издание Ж. Гарнье было без каких-либо существенных изменений перепечатано в «Латинской патрологии» Жана Поля Миня). Новое научно-критическое издание «Codex Palatinus» вышло в составе многотомной серии «Деяния Вселенских Соборов» («Acta Conciliorum Oecumenicorum»); его подготовкой занимался выдающийся немецкий филолог и историк Эдуард Шварц (1858–1940 гг.). В предпосланном изданию предисловии он подверг критике традиционное мнение предшествующих издателей и исследователей о том, что Марий Меркатор является автором или переводчиком всех или почти всех текстов из «Codex Palatinus». На основании исторического и стилистического анализа текстов Э. Шварц сделал вывод, что принадлежащими Марию Меркатору должны считаться лишь тексты, которые в корпусе прямо связываются с его именем, тогда как другие тексты были введены в состав корпуса позднейшим компилятором. Согласно выдвинутой Э. Шварцем гипотезе, в «Codex Palatinus» представлен корпус, составленный кем-то из группы скифских монахов, которые под предводительством Иоанна Максенция в первой половине VI в. вели полемику с несторианами и монофизитами. В заключающем корпус тексте составитель упоминает Иоанна, епископа города Томы в Малой Скифии (ныне Констанца, Румыния), называя его «блаженнейшим отцом нашим». Согласно Э. Шварцу, речь идёт об Иоанне Максенции; другие исследователи считали, что епископом стал не Максенций, а некий «монах Иоанн», который упоминается в документах, связанных с деятельностью скифских монахов. Признаваемое всеми современными исследователями происхождение корпуса из среды скифских монахов объясняет ряд его особенностей: 1) корпус имеет ярко выраженную антинесторианскую направленность; в борьбе с попытками дать несторианскую интерпретацию догматических определений четвёртого Вселенского собора монахи возвращались к учению Кирилла Александрийского и решениям третьего Вселенского собора, видя в них точное и однозначное выражение православной христологии; именно этим исследователи объясняют помещение в начало сборника сочинений и переводов Мария Меркатора и отсутствие в нём текстов, отражающих позднейшую халкидонскую христологию;