Дополнительным фактором, осложнявшим в это время административную борьбу с пелагианством, стал спор двух претендентов на Римскую кафедру, начавшийся после кончины епископа Зосимы в декабре 418 г. (см. ст. Пелагианство). Хотя Марий Меркатор не играл заметной роли в церковной политике, он выступал против пелагиан как богослов и полемист. Об идейной борьбе, которую Марий Меркатор вёл с пелагианами в Риме в 418–419 гг., свидетельствует Иероним Стридонский в письме некоему Донату, также противнику пелагианской ереси. Поскольку в письме упоминается окончательное признание законным Римским епископом Бонифация I (418–422 гг.), состоявшееся в апреле 419 г., оно может быть надёжно датировано промежутком между этим событием и кончиной Иеронима Стридонского в сентябре 419 г. Высказываясь в поддержку жёсткой и непримиримой борьбы с римскими пелагианами (в том числе с тайными, которые притворно принесли покаяние), Иероним Стридонский обращается к адресату с поручением приветствовать от него Мария Меркатора, которого он называет своим «святым сыном» («sanctum filium meum»); он также просит Доната подвигнуть Мария Меркатора к тому, чтобы тот «проявил ревность о вере и изобличил всех тех, кто запятнаны неким подозрением в принадлежности к пелагианской ереси». К концу 419 г. под давлением светской власти ведущие сторонники пелагианства покинули Италию или отреклись от пелагианских мнений. Хотя пелагиане впоследствии пытались добиться пересмотра осуждавших их постановлений Римских епископов, значительного влияния в Италии они не имели. Сведений о какой-либо последующей церковной или полемической деятельности Мария Меркатора в Италии у исследователей нет; это позволяет исследователям предполагать, что в начале 420 гг. он покинул Рим. Не позднее 429 г. Марий Меркатор прибыл в «пределы Востока» («pars Orientis»), т.е. в Восточную Римскую империю. Где именно жил и трудился Марий Меркатор на Востоке, исследователям неизвестно. В сочинениях этого периода он называет себя «слугой Христовым» («servus Christi»), а к некоторым адресатам обращается как к «сослужителям» (поскольку такая форма обращения была обычной для монахов, многие исследователи считают, что Марий Меркатор после отъезда из Рима начал вести монашескую жизнь). Исследователи полагают, что Марий Меркатор жил в одном из монастырей диоцеза Фракия; этот диоцез располагался недалеко от Константинополя, и в нём были латиноязычные монашеские общины, основанные выходцами с Запада. Против предположения о том, что Марий Меркатор жил в Константинополе и был там неофициальным наблюдателем, исполнявшим поручения Римского епископского престола, свидетельствуют как отсутствие каких-либо упоминаний о Марии Меркаторе в письмах и других документах того времени, так и замечание самого Мария Меркатора, согласно которому место, где он находился, отличалось от Константинополя. В трудах Мария Меркатора исследователи встречают лишь одно имя адресата его сочинений – «пресвитер Пиентий» (исследователи предполагают, что речь идёт о Пиентии, подпись которого как «пресвитера и архимандрита Мартириона отроков» в Константинополе стоит под актами Константинопольского собора 448 г.).