По мнению исследователей, монастырь, в котором жил Марий Меркатор, вероятнее всего, поддерживал связи как с Римом, так и с константинопольскими монастырями и монахами (последним объясняется достаточно хорошая осведомлённость Мария Меркатора о происходивших в столице событиях). То, что Марий Меркатор трудился в монашеской среде, определило специфику его сочинений и переводов: исследователи предполагают, что почти все они были адресованы монахам (при этом грекоязычным монахам Марий Меркатор стремился продемонстрировать ошибочность и опасность пелагианства, а латиноязычным – несостоятельность несторианства и его связь с пелагианством). По мнению исследователей, получив сообщения о том, что в Константинополе находятся единомышленник Пелагия Целестий, а также другие приверженцы пелагианства, которые упорно пытались добиться от Константинопольского архиепископа Нестория (428–431 гг.) и от императора Феодосия II (408–450 гг.) пересмотра и отмены осуждавших пелагианство постановлений западных Соборов и декретов Римских епископов, Марий Меркатор около 429 г. написал на греческом языке первое «Предостережение...» против пелагиан, впоследствии переведённое им же на латинский язык (греческий оригинал не сохранился). В предисловии к латинскому переводу, составленном уже после осуждения пелагиан третьим Вселенским собором в июле 431 г., говорится, что сочинение было представлено «Константинопольской Церкви» («Ecclesiae Costantinopolitanae»), а также императору Феодосию II и влиятельным светским и духовным лицам Константинополя. Подчёркивается, что именно сочинение Мария Меркатора побудило императора Феодосия II распорядиться об изгнании из Константинополя епископа Юлиана, Целестия и других пелагиан (изгнание произошло ещё во время епископства Нестория, в конце 430 г. или начале 431 г.). Это «Предостережение» занимает особое место в корпусе произведений Мария Меркатора, поскольку оно первоначально было написано на греческом языке и адресовано церковным и светским властям, а не монахам. Наблюдая за спорами, которые разворачивались в Константинополе вокруг христологического учения Нестория, Марий Меркатор пришёл к убеждению, что последователи Нестория идейно и лично близки к пелагианам, что определило его позицию в несторианской полемике. Опираясь на традиционную латинскую христологию, в которой было признано единство Лица Иисуса Христа, а также на суждения оппозиционно настроенных по отношению к несторианству греческих монахов, Марий Меркатор в предшествовавших созыву третьего Вселенского собора дискуссиях не присоединился к партии Нестория, а встал на сторону защитников православной христологии, возглавляемых Александрийским архиепископом Кириллом, и признал верной предложенную Кириллом критическую оценку мнений Нестория. Желая объяснить значение христологических споров латиноязычным читателям, Марий Меркатор составил подборки латинских переводов отрывков из проповедей, писем и сочинений Нестория и Кирилла; включённые в эти подборки документы исследователи датируют временем до начала третьего Вселенского собора. Из предпосланных переводам предисловий исследователи сделали вывод, что подборки были составлены в 430 – первой половине 431 гг. Сведения о деятельности Мария Меркатора после третьего Вселенского собора отсутствуют; предисловия к переводам свидетельствуют, что он увидел в решениях Собора выражение православной веры и целиком поддержал их. Латинские переводы документов, которые входят в тот же корпус, что и переводы Мария Меркатора, но относятся они к периоду после 431 г., не подписаны именем Мария Меркатора. Это позволяет исследователям предполагать, что в начале 430 гг. Марий Меркатор либо прекратил литературные и полемические труды, либо скончался.