По убеждению Дж.Ф. Кларка, христианство является высшей онтологической, теологической и этической точкой религиозного развития, которую уже не может превзойти человечество: «Иисус, объявивший, что Бог есть Дух, Которому надлежит поклоняться в духе и истине..., соединил с этим учение о единстве и высшей благости Бога. Достигнув представления о единстве всех вещей в едином высшем Существе, обладающем совершенной благостью, невозможно подняться выше этого. Точно так же Иисус установил и высший возможный закон этики, научив любить Бога и любить человека». Таким образом, сочинение Дж.Ф. Кларка. имеет не столько научный, сколько апологетический характер; по его убеждению, сравнение религий приводит исследователя к уверенности в рациональном превосходстве христианства над другими системами религиозной мысли. Хотя в настоящее время произведение Дж.Ф. Кларка является устаревшим как по методу, так и по содержанию, для своей эпохи оно было достаточно оригинальным и концептуально важным исследованием; оно пользовалось большим успехом у современников Дж.Ф. Кларка и неоднократно переиздавалось. Во многом благодаря Дж.Ф. Кларку достижения европейского сравнительного религиоведения стали широко известны в США и впоследствии легли в основание ряда направлений американского изучения истории религий. Религиоведческие и богословские исследования Дж.Ф. Кларка способствовали признанию его заслуг как учёного научным сообществом США. В 1860–1870 гг. он в качестве приглашённого лектора и профессора читал курсы по истории религий и по философской интерпретации религии в Гарвардском университете. С 1863 г. Дж.Ф. Кларк был членом Совета наблюдателей Гарвардского университета («Harvard Board of Overseers») – влиятельного органа, определявшего в числе прочего образовательную политику и общее направление учебных программ этого учебного заведения. В этой должности Дж.Ф. Кларк прикладывал значительные усилия к тому, чтобы в университете было введено обязательное преподавание не только древних, но и новых европейских языков, что, по мнению Дж.Ф. Кларка, позволило бы студентам лучше ориентироваться в достижениях европейских наук. В 1863 г. решением президента Гарвардского университета Дж.Ф. Кларку была присвоена почётная степень доктора богословия (Doctor of Divinity). Несмотря на одолевавшие его в старости болезни и общий упадок сил, Дж.Ф. Кларк не прекращал исполнять пасторские обязанности: в начале 1888 г. читал для членов Церкви учеников цикл проповедей о Молитве Господней (опубликовано посмертно); произнесённая 13 мая проповедь, которая была посвящена стиху «...не введи нас в искушение» (Мф. 6:13), стала последним публичным выступлением Дж.Ф. Кларка. До конца дней он сохранял ясность сознания; умер в собственном доме, окружённый родными и друзьями. Основанная Дж.Ф. Кларком Церковь учеников оставалась независимой общиной до начала 1940 гг. В 1941 г. она присоединилась к более крупной унитарианской конгрегации Арлингтон-Стрит-Черч, которая существует и в настоящее время, являясь членом Унитарианской универсалистской ассоциации (Unitarian Universalist Association).