Считая порочной такую практику и отказавшись от неё, Дж.Ф. Кларк ввёл систему добровольных пожертвований, объявив, что его община открыта для всех желающих, независимо от их достатка и финансовых возможностей. Если в большинстве американских протестантских церквей правом голоса при решении церковных вопросов обладали лишь некоторые члены общины, совместно владевшие церковным имуществом, то в общине Дж.Ф. Кларка все без исключения присоединившиеся к ней верующие наделялись равными правами. Первоначально собрания общины проходили в зданиях, арендуемых на средства верующих у других протестантских общин; в 1848 г. было завершено строительство собственного храмового здания Церкви учеников – Фримен-Плейс-Чапел. Принцип конгрегационального богослужения указывал на необходимость активного участия всей общины в молитвенных собраниях; вводя его, Дж.Ф. Кларк стремился взять лучшее из англиканского епископального, пресвитерианского и методистского богослужений, подчеркнув при этом, что богослужение есть общее дело всех участвующих в нём верующих. С этой целью он отказался от использования специального профессионального хора и музыкальных инструментов за богослужением. Гимны пелись всеми членами общины; многие молитвы произносились пастором и общиной совместно. В качестве руководства для совершения богослужения Дж.Ф. Кларк составил сборник основных чинопоследований и псалмов для собраний – «Книгу служения» («Service Book». 1844 г.). Общая схема утреннего и вечернего собрания в «Книге служения» выглядит следующим образом: 1) начальные псалмы и гимн; 2) общее исповедание грехов, произносимое совместно пастором и общиной; 3) Молитва Господня и стихи из псалмов; 4) псалмы соответствующего дня, либо пророческие чтения, либо чтение литаний, либо пение гимна «Te Deum» (в зависимости от цели и времени собрания); 5) чтение Священного Писания; 6) совместное пение гимна; 7) проповедь пастора; 8) несколько минут тишины для личной молитвенной медитации (заимствование, как полагают исследователи, из богослужебной практики квакеров); 9) импровизированная (т.е. не подготавливаемая заранее) молитва пастора (extempore prayer); 10) пение заключительного гимна общиной; 11) заключительная хвалебная молитва пастора и общины и преподание благословения. Кроме того, в «Книге служения» содержатся чины крещения младенцев и погребения умерших. Первый чин состоит из евангельского чтения, содержащего рассказ о благословении Иисусом Христом детей и другие отрывки, посвящённые детям (Мф. 18:2–5; Мк. 10:13–15; Мф. 18:4, 10); вопроса пастора к лицам, приносящим младенца для крещения, об их готовности воспитать его как члена церковной общины и ученика Христа; крещальной формулы, которая, несмотря на унитарианский характер общины Дж.Ф. Кларка, имела традиционный тринитарный вид: «Я крещу тебя во имя Отца и Сына и Святого Духа». Второй чин содержит чтения из Нового Завета и псалмов; в соответствии с распространённой протестантской практикой в нём нет специальных молитв об умершем. В «Артикулах...» и в письмах Дж.Ф. Кларк упоминает о возможности и полезности регулярного совершения в общине Вечери Господней (см. ст. Евхаристия).