В середине 1850 гг. Дж.Ф. Кларк приобрёл и обустроил по своему вкусу семейный дом в селении Джамейка-Плейн (с 1873 г. – в черте Бостона); с этого времени вся его жизнь проходила в повседневных пасторских заботах и непрекращающихся литературных трудах. На 1850–1880 гг. приходится расцвет деятельности Дж.Ф. Кларка как религиозного писателя, теолога и публициста: он создал многочисленные теологические трактаты и проповеднические памфлеты, в которых популяризировал своё понимание основных религиозных принципов унитарианства (всего больше сотни отдельных изданий). Дж.Ф. Кларк отмечал, что он мало заботится о литературном изяществе и красоте стиля своих сочинений, предпочитая, чтобы они были рациональными и полезными. В большинстве случаев Дж.Ф. Кларк достигал этой цели: исследователи отмечают, что его произведения отличаются ясностью и точностью языка и строгой логикой преподнесения материала, что не в последнюю очередь объясняют сильным влиянием на него немецкой философской и научной литературы. Многие сочинения Дж.Ф. Кларка стали классикой богословской литературы христианского унитарианства в США и до настоящего времени привлекают внимание унитарианских богословов и историков унитарианства. Наибольшую известность и распространённость в конце XIX – начале XX вв. имело составленное Дж.Ф. Кларком для целей катехизации юношей пособие «Руководство в унитарианской вере» («Manual of Unitarian Belief». 1884 г.), которое неоднократно переиздавалось (двадцать изданий до 1924 г.); оно используется некоторыми унитарианскими общинами США и ныне. В ряде сочинений Дж.Ф. Кларк вступал в богословскую полемику с представителями иных направлений протестантизма, главным образом, с приверженцами кальвинистской ортодоксии, а также с католиками, со сторонниками рациональной естественной религии, с материалистами и атеистами. При рассмотрении положений традиционного христианского богословия Дж.Ф. Кларк по большей части стремился предлагать такое философское и символическое толкование, при котором они могли бы быть приняты унитарианами. В этом отношении теологические труды Дж.Ф. Кларка способствовали снижению конфронтации между кальвинистскими и унитарианскими проповедниками. Проповеди и статьи Дж.Ф. Кларка регулярно публиковались в периодических изданиях, причём не только в унитарианских (в том числе в «Quarterly Journal of the American Unitarian Association» (около 150 проповедей), «Christian Inquirer» (около 200 проповедей), «Christian World» (около 300 проповедей), «Christian Register», «Monthly Religious Magazine»), но в издававшихся другими протестантскими течениями, а также в светской прессе, в том числе в большинстве бостонских ежедневных газет (в «Boston Saturday Evening Gazette» (более 500 проповедей), «Boston Daily Advertiser», «Boston Daily Journal», «Boston Herald»).