В начале 1841 г. Дж.Ф. Кларк принял решение обосноваться с супругой в Бостоне. Вскоре вместе с единомышленниками он создал в городе новую унитарианскую религиозную общину – Церковь учеников («Church of the Disciples»), стал её духовным и административным руководителем. Официальное учреждение Церкви учеников состоялось 13 апреля 1841 г., когда её основателями было единогласно принято исповедание веры, через подписание которого должно было происходить принятие в общину: «Мы, нижеподписавшиеся, объединяемся в нижеследующей вере и ради нижеследующей цели: мы веруем в Иисуса как Христа, Сына Божия, и в силу этого мы объединяемся в церковь Его учеников, дабы мы могли совместно трудиться в изучении и практиковании христианской веры». 27 апреля 1841 г. это исповедание подписали 48 человек, ставших первыми членами общины; тогда же был принят церковный устав – «Артикулы организации Церкви учеников» («Articles of Organization of the Church of the Disciples»). Согласно этому документу, повседневной деятельностью общины должны были руководить несколько комитетов, подчинявшихся пастору, при этом в каждом из них предполагалось одинаковое по числу присутствие мужчин и женщин из членов общины: обязанностью пасторского комитета было наблюдение за религиозной стороной церковной жизни, организация проповедей и молитвенных собраний; комитет благотворительности; комитет воспитания молодёжи, ответственный за проведение учебных занятий с детьми членов общины; комитет финансов, учитывавший и распределявший пожертвования членов общины; комитет церковной музыки, ответственный за организацию пения на молитвенных собраниях. В переписке Дж.Ф. Кларк неоднократно подчёркивал своё стремление придать новой религиозной организации либеральный и свободный характер, называя её «свободной церковью» («free church»). Руководствуясь этим, в качестве основания для повседневной жизни общины он предложил три принципа: принцип социальности, принцип добровольности и принцип конгрегационального богослужения. Принцип социальности предполагал более тесное, чем в иных общинах, повседневное взаимодействие членов Церкви учеников. Дж.Ф. Кларк намеренно отказался от составления пространной вероисповедной формулы, заявляя, что членом его общины может быть любой христианин. Дж.Ф. Кларк отмечал, что он стремится создать не просто унитарианскую конгрегацию, но «церковь» в полноте смысла этого слова, т.е. общество людей, объединяемых верой в Христа и любовью к Его учению, готовых не только собираться на формальные воскресные богослужения, но и уделять значительную часть своего повседневного времени изучению Священного Писания, совместной молитве и благотворительности. Наряду с традиционными воскресными молитвенными собраниями Дж.Ф. Кларк установил еженедельные вечерние собрания по средам – «общественные встречи» («social meetings»), во время которых происходило живое обсуждение различных вопросов, волновавших членов общины: политических, социальных, религиозных, богословских, организационных и т.п.; завершались встречи совместной молитвой. Принцип добровольности был направлен против распространённой в протестантских общинах того времени практики «продажи» или «сдачи в аренду» места на церковной скамье, в соответствии с которой на членов общины возлагалась обязанность регулярно вносить фиксированную (иногда довольно крупную) сумму на содержание церковных зданий, клира и на благотворительность.