Как и Дж.Ф. Кларк, Т. Паркер входил в круг сторонников философии трансцендентализма. После публикации Т. Паркером проповеди «Рассуждение о преходящем и вечном в христианстве», в которой он отвергал Священное Писание как источник вероучительных истин и призывал искать «вечное» содержание христианства исключительно в морально-философских аспектах учения Иисуса Христа, большинство проповедников Бостона отказались предоставлять ему свои кафедры. Хотя раскол огорчал Дж.Ф. Кларка, он твёрдо отстаивал правильность своего решения не участвовать в попытках лишить Т. Паркера возможности проповедовать, подчёркивая недопустимость преследования инакомыслия и необходимость для христиан со вниманием и с уважением относиться к любой рациональной интерпретации христианской истины. Летом 1849 г. Дж.Ф. Кларк совершил продлившееся 11 недель путешествие в Европу. Официальным поводом для поездки было участие в проходившем с 21 по 24 августа в Париже Международном конгрессе мира, на который собрались представители различных религиозных и общественных организаций, участвовавших в борьбе за мир в Европе. Дж.Ф. Кларк посетил Лондон, Париж, Женеву, Цюрих, Кёльн и другие города Европы; основное внимание уделял осмотру древних соборов и посещению картинных галерей. После возвращения в США проблемы со здоровьем, которые Дж.Ф. Кларк испытывал с 1848 г., значительно обострились; перенеся брюшной тиф в конце 1849 – начале 1850 гг., Дж.Ф. Кларк был вынужден оставить исполнение обязанностей пастора. С лета 1850 г. по октябрь 1853 г. он жил с семьёй в доме тестя в Мидвилле. По мере того как его здоровье улучшалось, Дж.Ф. Кларк возвращался к пасторской деятельности: проповедовал в Мидвилле, преподавал в местной протестантской школе, по приглашению друзей-пасторов посещал унитарианские общины в городах на северо-востоке США, в том числе в Чикаго, Нью-Йорке, Вашингтоне, Детройте, Цинциннати. С октября 1852 г. по июнь 1853 г. Дж.Ф. Кларк с супругой совершил ещё одно путешествие по Европе, на этот раз посетив преимущественно города Италии. Во время отсутствия Дж.Ф. Кларка в Бостоне религиозная жизнь Церкви учеников пришла в упадок; не найдя ему замены, многие члены общины перешли в другие унитарианские церкви, а оставшиеся были вынуждены продать храмовое здание, не имея средств на его содержание. Лишь несколько наиболее верных последователей Дж.Ф. Кларка поддерживали с ним переписку и побуждали к возвращению в Бостон. В январе 1854 г. Дж.Ф. Кларк вновь принял на себя обязанности пастора Церкви учеников в Бостоне, которые исполнял до конца жизни. Община была организована им по тем же принципам, что и в 1840 гг. Первоначально число членов Церкви учеников было сравнительно невелико, поэтому молитвенные собрания обычно проходили в арендуемой Индиана-Плейс-Чапел; лишь в 1869 г. у Церкви учеников вновь появилось собственное храмовое здание, построенное по планам Дж.Ф. Кларка.