Многие публикации Дж.Ф. Кларка в периодике остаются неидентифицированными, поскольку они выходили под псевдонимами или без подписи. Дж.Ф. Кларк неизменно затрагивал в проповедях и публикациях острые общественные и политические темы: был убеждённым приверженцем борьбы за мир; призывал к реформе образования, в том числе к допуску женщин к высшему образованию; поддерживал «конструктивный социализм», считая обязанностями государства защиту прав рабочих и заботу о бедных слоях населения; поддерживал деятельность обществ трезвости. В 1850 гг. в американском обществе велись ожесточённые споры по проблеме допустимости рабства и по вопросу о необходимости законодательной отмены рабовладения со стороны государства, которые, в конечном счёте, привели к Гражданской войне в США (1861–1865 гг.). Дж.Ф. Кларк придерживался антирабовладельческих взглядов ещё в 1840 гг.; по его признанию, непосредственное соприкосновение с негативными аспектами рабовладения во время пасторского служения в Луисвилле, где рабовладение в те годы ещё не было отменено, убедило его в антихристианской и бесчеловечной природе этого явления. В 1845 г. Дж.Ф. Кларк ринимал активное участие в составлении и подписании декларации 173 унитарианских пасторов «Протест против американского рабства» («A Protest against American Slavery». Boston, 1845 г.), в которой рабовладение признавалось «нехристианской» и «бесчеловечной» системой и объявлялось преступлением против божественного закона. Вместе с тем до 1850 гг. Дж.Ф. Кларк не присоединялся к радикальному аболиционистскому движению, считая, что отмена рабства должна быть следствием общественного договора, а не государственного принуждения. Однако постепенно, особенно после возмутившего бостонское общество случая выдачи хозяину в 1854 г. по решению суда, руководствовавшегося «Законом о беглых рабах» («Fugitive Slave Act»), беглого раба Энтони Бёрнса (1834–1862 гг.), который скрывался в Бостоне, Дж.Ф. Кларк занял принципиальную антирабовладельческую позицию и в публичных выступлениях призывал государство положить конец рабовладению на всей территории США. Во время Гражданской войны в США Дж.Ф. Кларк в проповедях убеждал унитариан любыми доступными способами поддерживать войска Севера, заявляя, что они сражаются за справедливое и богоугодное дело освобождения рабов, и выражал уверенность в том, что война завершится победой Севера. Итоговое изложение собственной интерпретации истории борьбы против рабовладения в США Дж.Ф. Кларк представил в сочинении «Дни борьбы с рабством», где победа Севера оценивалась как «победа силы совести над земной материальной выгодой». С конца 1860 гг. Дж.Ф. Кларк работал над обширным произведением, в котором намеревался предложить типологическое сопоставление и философско-богословское осмысление основных положений вероучения ведущих мировых религий, как существовавших в его время, так и исчезнувших.