В 1833 г. Дж.Ф. Кларк успешно завершил обучение в Богословской школе Кеймбриджа и стал унитарианским пастором. С этого времени и до конца жизни он был членом «Американской унитарианской ассоциации» («American Unitarian Association»). Под влиянием первоначального религиозного воодушевления Дж.Ф. Кларк решил заняться миссионерским распространением унитарианских идей, покинул Бостон и стал проповедником и пастором в Луисвилле (штат Кентукки), который в то время был известен как один из центров работорговли и в культурном отношении был глубокой провинцией. Пасторское служение в Луисвилле, продлившееся с 1833 по 1840 гг., стало для Дж.Ф. Кларка источником разочарований: жители города, в основном, довольствовались лишь обрядовой стороной религии и без особого интереса относились даже к традиционной церковной проповеди; философская религиозность Дж.Ф. Кларка была им чужда и не находила у них отклика. Неудачи в пасторском служении побудили Дж.Ф. Кларка активно заняться литературной деятельностью. В 1836 г. он согласился стать издателем и главным редактором журнала «Западный вестник» («Western Messenger»), основанного годом раньше в городе Цинциннати (штат Огайо) его коллегой унитарианским пастором Эфраим Пибоди (1807–1856 гг.), который намеревался сделать это издание основным печатным органом унитарианской проповеди в регионе. Под влиянием Дж.Ф. Кларка журнал стал из узкотематического религиозного издания общекультурным обозрением. Дж.Ф. Кларк привлекал к участию в нём бостонских знакомых; вскоре журнал стал восприниматься как печатный орган трансценденталистского движения, что значительно увеличило его популярность. Дж.Ф. Кларк публиковал в журнале значительное число собственных статей, рецензий, обзоров, переводов; касался как религиозных, так и общественных вопросов, в том числе затрагивал проблемные темы и рассуждал о свободе вероисповедания, принципах духовного воспитания и образования, прочности рабовладения, необходимости утвердить справедливость в общественных и трудовых отношениях и т.п. В нескольких статьях он защищал Р.У. Эмерсона и других представителей трансцендентализма от упрёков в явном отвержении богооткровенного характера христианства и скрытом атеизме. С 1836 по 1841 гг. в журнале публиковался выполненный Дж.Ф. Кларком перевод на английский язык пространного философско-богословского романа немецкого теолога и библеиста Вильгельма Мартина Либерехта Де Ветте (1780–1849 гг.) «Теодор, или Обращение скептика» («Theodor, oder die Weihe des Zweiflers», 1822 г.), впоследствии выпущенный отдельным изданием. Дж.Ф. Кларк оставался главным редактором журнала до 1839 г.; участвовал и в подготовке некоторых последующих номеров издания, прекратившего существование в 1841 г. В 1839 г. Дж.Ф. Кларк вступил в брак с Анной Хёйдекопер, дочерью богатого предпринимателя из города Мидвилл (штат Пенсильвания); в 1840 гг. в их семье родились четверо детей. Заручившись финансовой поддержкой тестя, разделявшего его религиозные убеждения, Дж.Ф. Кларк покинул Луисвилл; вторую половину 1840 г. он провёл с семьёй в Мидвилле, а также посещал с проповедями близлежащие города, в том числе побывал в Чикаго, где основал первую в этом городе унитарианскую общину.