Рассматривая отношения между Богом и человеком, Дж. Ф. Кларк считал ложным учение о полной повреждённости человеческой природы и первородном грехе. Он утверждал, что заложенные Богом при творении человека в человеческую природу способности (разум, воля, совесть и т.п.) остались неповреждёнными и после греха Адама, так что лишь от желания самого человека зависит правильное пользование ими и собственное совершенствование. Признавая, что многие люди идут по пути греха, Дж. Ф. Кларк утверждал, что от них самих зависит, услышат ли они обращённый к ним в Священном Писании и христианской проповеди призыв встать на путь спасения. По убеждению Дж. Ф. Кларка, спасение есть, прежде всего, субъективное изменение мыслей и жизни; оно начинается с обращения, т.е. готовности изменить себя, и переходит в возрождение, когда человек «начинает видеть во всех вещах любовь Бога» и действовать согласно этой любви. Таким образом, как утверждал Дж. Ф. Кларк, все люди могут быть разделены на три рода: 1) «мирские люди» («wordly man»), т.е. те, кто живут в грехе, в отчуждении от Бога, кто не желают знать Его волю и следовать ей; 2) «совестливые люди» («conscientious man»), т.е. те, кто ведут добродетельную жизнь и следуют нравственному закону, однако делают это исключительно ради собственного блага, исполняя свою моральную обязанность; 3) «верующие христиане», т.е. те, кто возрождены любовью к Богу и ближнему и ставят эту любовь выше личных эгоистических желаний. Дж. Ф. Кларк принимал христианское учение о будущей жизни и всеобщем воскресении, однако считал, что это будет «духовное воскресение», которое не должно рассматриваться как продолжение нынешнего телесного существования, но есть переход в некую иную, высшую форму существования. Считая, что представление о Боге как о Судии, милующем и карающем исключительно сообразно Своей воле, является ошибочным, Дж. Ф. Кларк утверждал, что суд Божий не есть однократное событие будущего, но происходит непрерывно в соответствии с теми вечными законами, которые отделяют добро от зла. Пребывание в раю и в аду Дж. Ф. Кларк толковал символически, как обозначение благого и греховного состояний души человека, и утверждал, что в настоящей и в будущей жизни существуют «множество адов и множество небес, соответствующих нравам и состоянию каждого человека». Признавая, что грешники понесут наказание, Дж. Ф. Кларк вместе с тем отмечал, что это будет «исправляющее, а не мстящее наказание»: люди будут страдать исключительно с той целью, чтобы они познали следствия совершённого ими зла и стали лучше. Дж. Ф. Кларк отвергал учение о вечности адских мук, считая его не согласующимся с мудростью, справедливостью и милостью Бога, а также «ограничивающим искупительную силу Христа и Его Евангелия». Поскольку «благость сильнее зла, а любовь способна победить любой грех», в конце времён, по утверждению Дж. Ф. Кларка, всё сущее достигнет блаженного состояния и примирится с Богом Отцом (ср. ст. Апокатастасис).