Апокрифы не добавляют исторических деталей к описанию Крещения Господня, но содержат его раннюю интерпретацию в контексте собственной традиции, часто не зависимой от евангельских описаний, что приводит к появлению ряда новых подробностей. В «Евангелии эвионитов» рассказ о Крещении Господнем представляет собой попытку гармонизации синоптических Евангелий. Исследователи отмечают, что основная особенность изложения этого события – упоминание о явлении «великого света», который осветил место Крещения Господня после выхода Спасителя из вод Иордана. Великий свет, как и божественный глас с неба, служит знаком, удостоверяющим божественное происхождение Иисуса. Смысловое ударение в этом источнике (так же как и в Мк. 1:10) сделано на том, что Святой Дух сходит букв. «сходит и входит в него». В близком к нему по происхождению «Евангелии от евреев» (II в.) рассказ о Крещении Господнем соткан из библейских реминисценций и аллюзий (Ис. 11:2; 61:1; Прем. 7:7; Сир. 21:71; Пс. 2:7; 89:29; 132:14), при этом Иисус представлен как выдающийся из библейских пророков, на Котором почил («requievit») «весь источник Святого Духа». При выходе Спасителя из вод Иордана не глас божественного Отца, но Сам Святой Дух объявляет Иисуса Своим Сыном, называя Его «Сыном Моим первородным» («primogenitus» – титул, отсутствующий в канонических Евангелиях). Тема почивания Святого Духа на Иисусе сближает это свидетельство с Ин. 1:32, где сказано, что Святой Дух пребывал (покоился) на Нём. В «Евангелии назореев» (II в.), которое близко по содержанию к Евангелию от Матфея, представлено уникальное для раннехристианской литературы предание об обстоятельствах принятия Иисусом крещения от Иоанна Крестителя (ср.: Мф. 3:14–15). Согласно этому свидетельству, Иисуса уговаривают принять крещение от Иоанна Его Матерь и братья, на что Спаситель в риторической форме возражает, что Он не может обладать неведением о Своей безгрешности. В апокрифических «Актах Пилата», которые входят в «Евангелие от Никодима», описание Крещения Господня вложено в уста Иоанна Крестителя и представляет собой краткий пересказ свидетельств евангелистов Иоанна и Матфея. В папирусе, содержащем фрагмент апокрифического Евангелия, приводится дискуссия Спасителя с первосвященником о ритуальном очищении в Иерусалимском храме: Иисус, противопоставляя Своё крещение иудейским омовениям, говорит: «Я и Мои ученики были погружены в воды вечной жизни».