Монастыри Пахомия Великого в зависимости от количества подвизавшихся там монахов состояли из различного числа таких домов. Новая форма организации жизни монахов, связанная с постоянным пребыванием в коллективе, потребовала введения особой внутриобщинной дисциплины. Так, без благословения братья не могли посещать кельи друг друга: «И никто вообще, если на то нет приказа старшего, не смеет входить в келью другого». Монах не имел права запираться в своей келье: «Никто не должен спать в закрытой келье, и никто не должен иметь комнаты, которую можно было бы закрыть…». Из кельи нельзя было выходить после вечерней молитвы и до общей утренней молитвы. Келья могла состоять более чем из одной комнаты. Кроватей у монахов монастырей Пахомия Великого не было; существует предположение, что спали они полулёжа на специальном стуле с наклонной спинкой, подстелив циновку, укрывались также циновкой. В общежительном монастыре монах мог иметь в келье только самые необходимые предметы, предусмотренные уставом и выданные назначенным монахом, такие как глиняный масляный светильник или кувшин для воды. Ко времени, когда монастырь Тавенниси посетил Палладий (390 гг.), из-за большого числа насельников в каждой келье жили уже по три монаха. По данным археологических раскопок, в VII–VIII вв. монахи жили по несколько человек не в отдельно стоящих кельях, а в комнатах одного большого здания. Двери всех келий выходили в общий коридор или во двор. По такому принципу были организованы и другие общежительные египетские монастыри. Своеобразный компромисс между отшельническим и киновийным типами устройства монашеской жизни представляли лавры, где отдельно стоящие кельи были объединены в единое поселение, имеющее в центре церковь, а также трапезную, кухню и другие хозяйственные и административные постройки. Живя, по сути, отшельнически, монахи и подвизались независимо друг от друга в будни и во время постов, собираясь в конце недели и в праздничные дни для совместного богослужения, общей трапезы и решения текущих бытовых вопросов, например, продажи изделий, изготовленных ими. Монашеские поселения такого типа существовали и в Египте (например, Келлии), однако название «лавра» возникло в Палестине. Первые лавры здесь были заложены основателем палестинского монашества преподобным Харитоном Исповедником (ум. около 350 г.), впоследствии известные лавры были основаны святым Евфимием Великим (ум. в 473 г.) и преподобным Саввой Освященным (ум. в 532 г.). Раскопки Новой лавры (около 507 г.) преподобного Саввы проводились в 1981–1982 гг. Был обнаружен её центр и хорошо сохранившиеся остатки более чем сорока келий в радиусе 500 м. Каждая из них имела, как правило, небольшое жилое помещение, цистерну для воды и садовый участок. Некоторые цистерны были устроены под полом. Кельи в Новой лавре были небольшими и простыми по планировке. Площадь самой большой кельи составляла 56,2 кв. м, а самой маленькой – 8,4 кв. м. Кельи в лавре Иеремии, основанной учеником преподобного Саввы около 531/532 г., были столь же просты, как в Новой лавре, их площадь составляла около 15 кв. м. В лавре Саввы Освященного кельи были больших размеров, вплоть до 100 кв. м, и состояли из пещерной части и пристройки. Такие кельи могли быть не только одноэтажными, поскольку помещения надстраивались одно над другим на склоне горы.