В 954 г. епископ Хосров Андзеваци, отец Григора Нарекаци (около 950 – 103 или 1011 гг.), выступил против католикоса Анании Мокаци (946–968 гг.) и стремился доказать, что, по сути, епископ и католикос равны, поскольку примат власти католикоса основан на параллели с небесной иерархией, а в ней ангелы и архангелы равны по благодати. Анания Мокаци со своей стороны утверждал, что разница в названиях иерархов предполагает и разницу в чинах. На довод Хосрова Андзеваци, что епископ не ниже католикоса, т.к. участвует в его рукоположении, Анания Мокаци возражал: св. Иоанн Креститель хотя и возложил руку на Христа, но никоим образом не равен Ему; католикос также может рукоположить епископа, а епископ не вправе рукополагать другого епископа. С XI в., когда была надолго утеряна армянская государственность в Закавказье, католикос воспринимался как национальный лидер армян (что, впрочем, характерно и для других духовных глав в восточной структуре власти); он становится политическим представителем народа при ведении переговоров с властями разных стран. В эпоху османского и персидского владычества (XV – начало XIX вв.) армянские католикосы старались сохранить свои полномочия предстоятеля церкви. Тем не менее, в XVII в. турецкие и персидские власти начинают играть определённую роль в деле утверждения армянских католикосов. С конца XVIII в. интерес к его выборам проявляет и Россия, влияние которой в Закавказье растёт. В 1828–1829 гг. к России были присоединены Восточная Армения и престол католикоса в Эчмиадзине. 11 марта 1836 г. российский император Николай I подписал «Положение» («Свод законов Армянской Церкви»), согласно которому католикос должен избираться на всенародном собрании светскими и духовными делегатами, а имена двух кандидатов, получивших наибольшее число голосов, должны представлять императору на утверждение одного из них. В «Положении» императорским рескриптом был упразднён и Гандзасарский католикосат. Литургический церемониал рукоположения и помазания католикоса начал развиваться около IX в. и полностью оформился в Киликийской Армении в XII в. В Армянской Апостольской церкви только католикосу предоставлено право рукополагать епископов (в сослужении двух архиереев), а в Средние века – и благословлять царя на трон. Следуя этому обычаю, в настоящее время католикос благословляет новоизбранного Президента Армении. В канонах Ованеса III Одзнеци (717–728 гг.) отмечалось, что только католикос вправе освящать миро, и эта норма сохраняется. После смерти католикоса в период до избрания его преемника освящение мира не проводится. Литургические каноны о рукоположении епископа, об освящении мира и о благословении царя переписывались вместе и назывались «Маштоц католикоса». Эти рукописи обычно хранились в резиденции католикоса, т.к. предназначались только для него. Содержащиеся в них каноны считались закрытыми и не могли переписываться вместе с другими литургическими канонами, чтобы их не могли использовать лица, замыслившие неправомерные действия. В этом отношении исследователи находят примечательным канон 30 «Маштоца» Х в. из собрания Конгрегации мхитаристов в Венеции, посвящённый благословению мира. В рукописи указано только название этого канона, после чего следует запись: «Но не в нашей власти записать сей канон, дабы не оказаться непокорными престолу святого Просветителя и нашему великому патриарху». Исследователи отмечают, что писец не называет имя современного ему католикоса, следовательно, сокрытие этой информации уже тогда имело древнюю традицию.