До официального принятия христианства в Армении судебная власть находилась в руках жрецов, и главным судьёй считался верховный жрец. Как отмечает Мовсес Хоренаци (V в.), царь Вагарш II (рубеж II и III вв.) причислил жрецов из рода Вахагна к первым нахарарским родам. После принятия христианства эта власть перешла к католикосу, который был назначен «верховным блюстителем правосудия». Именно по этой причине персидский царь Йездигерд II, который в середине V в. пытался насадить зороастризм в Армении, ограничил права Армянской Апостольской церкви и отобрал право верховного судьи у католикоса, передав его мобеду. В структуре церковной иерархии установление сана католикоса способствовало сохранению независимости от внешних вмешательств. Чтобы возведение католикоса на престол не было ограничено выборами, был учреждён канон рукоположения католикоса, подобно рукоположению других церковных чинов. Он требовал присутствия определённого числа епископов, благодаря чему удавалось пресекать попытки посадить на армянский престол католикоса извне. Власть католикоса была связана с политико-государственной структурой и административным делением Армении. В период правления рода Аршакуни (до 428 г.) католикос избирался на Соборах в присутствии царя, знати и духовенства; царю отводилась главенствующая роль. В IV – начале V вв. католикос избирался из рода Партевов, откуда происходил Григорий Просветитель. После смерти Саака I (439 г.) католикоса начали выбирать из рода Альбианоса – жреческой фамилии, известной ещё в дохристианской Армении. С ослаблением и падением царской династии Аршакуни, когда бóльшая часть Армении перешла под контроль Персидской державы, власть рода Альбианоса, который был под покровительством Персии, окрепла. В этот период при выборах не только католикоса, но и епископов кандидатуры утверждались персидским царём, и лишь рукоположение епископа осуществлял католикос. В VI–VII вв. род Альбианоса становится главенствующим на Соборах при избрании католикоса. При этом персидские наместники (марзпаны) пытались отобрать у главы Армянской Апостольской церкви административно-правовую власть, сохранив за ним только духовную. Исследователям известны неудачные попытки создания альтернативных престолов католикоса у армян-халкидонитов. Так, в 591 г. византийский император Маврикий на территории с центром в Аване (ныне в черте Еревана), в то время перешедшей под контроль византийцев, провозгласил католикосом Ованеса Багаранци. В 969 г. Ваан I Сюнеци, заочно низложенный за стремление к сближению с армянами-халкидонитами, нашёл убежище в армянском царстве Васпуракан и продолжал действовать как католикос наряду с новоизбранным Степаносом III, в результате чего Армянская Апостольская церковь была расколота, пока оба католикоса не скончались через три года. В период царствования Багратидов (885/886 – 1045 гг.) церковное, общественное и политическое значение католикоса усилилось (в частности, появилась новая, более объёмная редакция канона рукоположения католикоса). Этот процесс вызвал противодействие части духовенства, пытавшегося предотвратить централизацию церковной власти.