В поздних трудах А.М. Курбский развивал неоплатоническое учение о триединстве растительной, животной и духовной природы в душе человека, а разум признавал открытым средством для богообщения. Человек обладает свободой воли («естественным самовластием»), которой награждает его Бог, как «златопечатным листом» (жалованной грамотой-«привилеем»). На пути к Богу человек обязан придерживаться целомудренной жизни, подавляя проявления «растительной» и «животной» природы и на «узком пути» самосовершенствования открывая разум Богу. «Святорусская империя»-республика служит в «Истории...» примером духовного восхождения и последующей деградации, в котором место человека занимает вся страна (до сочинений А.М. Курбского понятие «Святая Русь» исследователи встречают в греческом послании Максима Грека). В античных традициях, воспринятых у польско-литовских современников, А.М. Курбский говорит о «резпублике» («вещи общей», или «речи посполитой») как о едином теле, в котором царь – «глава», советники – «уды». Верховный совет занял в первые годы царствования Ивана IV Васильевича место «сердца» в едином организме «Святорусской империи». Опираясь на медицинско-анатомические доктрины Мигеля Сервета и Маттео Реальдо Коломбо, А.М. Курбский доказывает, что «сердце» в республике выполняет спасительную миссию, воплощая таинство евхаристии в жизни человека и республики. Как хлеб и вино, по его мнению, превращаются в организме человека в живительные Плоть и Кровь, так разумные советы и поддержка «ко доброму и полезному общему» составляют «кровь и плоть республики» и питают не только ее «уды», но и саму «главу». Каждый мудрый советник наделён своими дарами Святого Духа, и взвешенное правление православного монарха, «средний путь», заключается в соединении в «сердце» республики всевозможных даров Святого Духа, обладать которыми один человек не способен. Носителями и воплотителями этого учения в Московской Руси, по словам А.М. Курбского, были наделённые такими дарами богословы (Максим Грек, нестяжатели) и стремящиеся к «общему благу» советники и воеводы (лидеры Избранной рады). Не заботясь о разумной части души и не опираясь на книжную учёность и советнический опыт, человек или республика обрекают себя на катастрофу. В усилиях «утвердить царя» на пути покаяния и целомудренного правления Избранной раде препятствовали церковные и светские «человекоугодники», поддерживавшие в царе «страсти» («объятия») и тянущие его душу вслед за её «растительной» природой к падению. Злое «произволение» великих князей Московских, их гордость и высокомерие по отношению к подданным, «несытство» в борьбе за земельные владения и имущество князей-конкурентов, обращение к колдунам, жестокость и невоздержанность в телесной жизни обрекают всю республику на Божьи кары. Самые страшные из них – нашествия иноземных захватчиков, сопровождающиеся разрушениями и пленением единоверцев, и разрушительные пожары, которые Бог посылает в наказание за грехи. А.М. Курбский в «Новом Маргарите» и «Истории...» упоминает три пожара Москвы, ставшие знамением для «Святорусской империи» (1547, 1560 и 1571 гг.).