В развернувшейся полемике царь обвинил А.М. Курбского и его «советников» в ереси, измене, покушении на жизнь царя и царской семьи, попытке узурпации власти в Ярославле, а позднее – ещё и в поддержке заговора удельного князя Владимира Андреевича Старицкого. Ни по одному из обвинений А.М. Курбский своей вины не признал. После получения ответного послания царя А.М. Курбский написал ему второе, краткое послание, продолжающее и развивающее тематику первого, а также обвиняющее Ивана IV Васильевича в неумении вести полемику. Второе и третье послания А.М. Курбского известны исследователям только в составе литературного «Сборника Курбского». Первое послание А.М. Курбского известно исследователям в двух ранних версиях – первой и второй редакциях и их поздних изводах. Первая получила распространение в русской рукописной традиции с конца XVI – начале XVII вв. и отразила авторскую редакцию 1564 г. Самый ранний известный ныне исследователям список этой редакции содержится в рукописи из собрания Фёдора Андреевича Толстого Отдела рукописей Российской национальной библиотеки и принадлежал на рубеже XVI и XVII вв. монаху Ионе Соловецкому. Вторая является авторской переработкой в «Сборнике Курбского», выполненной на основе первой редакции с дополнениями и исправлениями, отразившими влияние переписки и «Истории о князя великого Московского делех» в конце 1570 – начале 1580 гг. Ряд совпадений с первым посланием А.М. Курбского первой редакции обнаружен в составленных не позднее 1566 г. «Плаче» и «Жалобе» монаха Исаии Каменецкого. Их датировка и взаимосвязь с сочинениями А.М. Курбского вызывают в научных кругах острую дискуссию. К концу 1569 г. начал формироваться учёный кружок под покровительством А.М. Курбского. В его состав в разные годы входили и «московиты»-эмигранты князь Михаил Андреевич Ноготков-Оболенский и Пётр Остафьев-Вороновецкий, Богдан и Ждан Мироновичи, бакалавр из Кракова Амброжий (возможно, Шадковский), бакалавр Станислав Войшевский, ковельский протопоп Сила, Павел Левковский и др. Поддержку этому кругу интеллектуалов оказывали князь К.К. Острожский, литовский канцлер Радзивилл Рыжий, «московиты» монах Артемий (бывший игумен Троице-Сергиева монастыря) и печатник Иван Фёдоров, ряд волынских шляхтичей и слуги А.М. Курбского. В переписке с друзьями и со знакомыми А.М. Курбский пытался расширить круг своих сотрудников и читателей, пригласив присоединиться соотечественника Умара Сарыхозина и львовского учёного мещанина Сачко Седларя. А.М. Курбский выучил латынь, которой пользовался для переводов и в деловой жизни Речи Посполитой.