К периоду юрьевского наместничества (1563–1564 гг.) относится переписка А.М. Курбского со старцем Псково-Печерского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря преподобномучеником Вассианом (Муромцевым), в которой князь комментировал прочитанные им книги, в том числе из монастырской библиотеки: «Рай», «Никодимово Евангелие», «Библию» Франциска Скорины. Сохранилось три послания А.М. Курбского к Вассиану (Муромцеву). Во втором послании А.М. Курбский высказался об идеале Русской земли как богоизбранного православного царства и обвинил московских православных иерархов и светские власти в несоблюдении божественных заповедей, духовной деградации, страхе «пред цари» и потакании их злодеяниям, хищениях, междоусобии, кровопролитии соотечественников и разрушении различных «чинов» общества («Русская историческая библиотека», том 31). Переписка с Вассианом (Муромцевым) известна исследователям по сборникам второй половины XVI – XVII вв., в том числе в составе так называемых Печерских сборников (или в «Вольмарском конвое»), в которые вошли также первое письмо А.М. Курбского Ивану IV Васильевичу, составленная перед побегом из Юрьева записка А.М. Курбского, письмо князя Александра Ивановича Полубенского юрьевским воеводам и письмо Тимофея Ивановича Тетерина-Пухова и Марка Сарыхозина Михаилу Яковлевичу Морозову-Поплевину. Древнейший список первого послания к Вассиану (Муромцеву) хранится в рукописи «Измарагд» Псково-Печерского монастыря (старый шифр – Научная библиотека Тартуского государственного университета) и по водяным знакам датируется 1560 гг. В Юрьеве был составлен также «Ивану многоучёному ответ о правой вере», адресованный лютеранскому пастору Иоганну (как полагают исследователи, Иоганну Веттерману). В нём разоблачались «многобожие еллинское», новоявленные реформационные «ереси» и «растленные книги», а также содержался призыв, обращённый к пастору и его пастве, покаяться и обратиться «ко древнему благочестию» («Русская историческая библиотека», том 31). В апреле-мае 1564 г. А.М. Курбский отправил Ивану IV Васильевичу послание, в ответ на которое к 5 июля 1564 г. царь составил и отправил в Речь Посполиту пространное письмо. В первом послании А.М. Курбский упрекал царя в нарушении христианских заповедей, возложил на него ответственность за поражения в войне с «неверными», бессудные убийства воевод «на церковных порогах» и отказ от добродетельного целомудренного правления.