Поскольку спасительная миссия церкви затруднена из-за раскола между «тамошней» (Московской) и «здешней» (Польско-Литовской) русскими землями, объединение их А.М. Курбский считает возможным лишь под властью Константинопольского патриарха. В глоссе к переводу «Логики» Шпангенберга со ссылкой на Житие Иоанна Златоуста А.М. Курбский (или его сотрудник) пишет о праве на апелляцию в светском суде к царю (королю) и цесарю (императору), а в церковном – к патриарху и собору первоиерархов. Примером для подражания служит обращение «великих княжат русских» к Константин6опольскому патриарху во время судебной тяжбы «Тверскаго епископа прегордаго» против св. митрополита Петра в начале XIV в. В предисловии к «Новому Маргариту» Московские митрополиты, не хиротонисанные в Константинополе, и епископы Московской церкви объявлены «законопреступными». По словам А.М. Курбского, Московские митрополиты и епископы потакают светской власти и выполняют её прихоти, поддерживая даже её очевидные преступления. Особое возмущение князя вызывает налагаемое на жертв опричнины церковное проклятие, которое произносилось по велению царя «во церквах на амвоны», причём совершающих данный ритуал священников А.М. Курбский называет облачёнными «в ризи святителские» зверями. Гонения в Москве, по его сведениям, принимали форму святотатства. В первом послании к Ивану IV Васильевичу и в «Истории...» А.М. Курбский подчёркивал, что убийства невиновных воевод князя Юрия Ивановича Кашина-Оболенского и князя Михаила Петровича Репнина происходили на «прагах церковных» и «близу самого олтаря». В годы опричнины казнили представителей белого и чёрного духовенства: «постницу» Марию по прозвищу Магдалина, постригшихся в монахи князя Ивана Ивановича Турунтая-Пронского и родных князя Дмитрия Ивановича Курлятева-Оболенского, княгиню-инокиню Евфросинию Старицкую, св. митрополита Филиппа II (Колычева), Новгородского архиепископа Пимена, священников и монахов Новгорода и Пскова, псково-печерских игумена преподобного Корнилия и учёного монаха Вассиана (Муромцева). Предположительно, по мнению А.М. Курбского, мученическую смерть приняли святитель Герман (Садырев-Полев) и преподобный Феодорит Кольский. Духовный подвиг жертв опричнины приобщает их к христианским мученикам. Стремление уйти от суда и перекладывание вины, по мнению А.М. Курбского, свойственны царю, его духовным и светским приспешникам и монахам-иосифлянам, которым он пророчит «нелицемерный праведный Суд Христов». А.М. Курбский убеждён, что мир в восьмое тысячелетие «веку зверинаго» близится к своему концу, и видит в событиях, разворачивающихся в опричном Русском царстве, знаки приближающегося Второго пришествия. По ходу повествования о царе в «Истории...» с падением Избранной рады образ «нашего царя» вытесняется Царём Небесным, единственным подлинным царём на Русской земле, а сам Иван IV Васильевич определяется только как «наш же», «он» или апокалиптической характеристикой «прелютый зверь».