В 1061 г. преподобный Прохор выделил из числа своих учеников монаха Георгия и назначил его настоятелем Крестового монастыря (до 1080 гг.), после него настоятелем был Власий, до последней трети XIII в. список настоятелей Крестового монастыря не сохранился. Английский паломник Зевульф (1102–1103 гг.) писал, что Крестовый монастырь в его время был частично разрушен. Некоторые исследователи связывают это с завоеванием Святой земли сельджуками в 1070 гг., другие относят повреждения ко времени первого Крестового похода (1099 г.), когда многие палестинские церкви подверглись нападениям мусульман. В 1103–1105 гг. Крестовый монастырь был восстановлен царём единой Грузии св. Давидом IV Строителем при поддержке католикоса-патриарха всей Грузии Иоанна VI и преподобного Арсения Икалтойского. По сведениям епископа Тимофея (Габашвили), католикос-патриарх и епископ Арсений были изображены на северной стене кафоликона Крестового монастыря (утрачены). По мнению Павла Иесеевича Ингороквы, в композиции на северной стене должно было быть изображение св. Давида IV. Во время господства крестоносцев в Иерусалиме (1099–1187 гг.) Крестовый монастырь был грузинской обителью, грузины пользовались широкими правами и помощью. Двадцать приписок-синодиков с именами влиятельных членов Ордена тамплиеров, занесённых грузинскими монахами под диктовку французских рыцарей в Синаксарь 1155 г. из Крестового монастыря, свидетельствуют о том, что представители Ордена не только посещали Крестовый монастырь, но и жертвовали обители большие суммы. Сохранились аналогичные синодики, которые были внесены в Грузии в пожертвованную в Крестовый монастырь рукопись Четвероевангелия второй половины XII в. Ещё одним доказательством близких отношений грузин с крестоносцами исследователи считают изображение в Крестовом монастыре особо почитаемого в Европе мученика Севастиана, созданное, по мнению Е.П. Метревели и А. Баумштарка, в XI–XII вв. Шалва Ясонович Амиранашвили считал, что оно было сделано в первой половине VIII в., Тинатин Багратовна Вирсаладзе и Луи Рео датировали его временем после XV в. Также существует не находящее исторических подтверждений предание о том, что первый латинский правитель Иерусалима Готфрид Бульонский был похоронен в Крестовом монастыре. Привлекает внимание исследователей обнаруженная Титом Тоблером над входом в Крестового монастыря надпись, выполненная в 1497 г. готическим шрифтом. Первая супруга св. Давида IV (имя не сохранилось) основала в Иерусалиме Орден грузинских монахинь; из Грузии она привезла часть Святого Креста, которую в 1108 г. кантор Гроба Господня Ансельм послал из Иерусалима в собор Парижской Богоматери. В то же время, грузинская колония Иерусалима ощущала свою принадлежность к полиэтничной православной общине Святой земли. Сохранилась запись 1169 г. о покупке виноградника грузинским настоятелем Крестового монастыря у араба-христианина. Документ был скреплён подписями свидетелей – православных арабов и подписавшегося по-гречески священника Анастасия, т.е. только представителей православной диаспоры. В 1182/1183 г. здесь побывал (по другим сведениям, жил в 1174–1184 гг.) бывший католикос-патриарх Грузии Николай I (Гулаберсдзе.