На притолоках – изображения пророка Соломона, святителя Петра Ивера (?) и монаха с завязанными глазами (по мнению исследователей, сподвижника святителя Петра Иоанна, из Жития известно о болезни лица и глаз, которые прикрыты повязкой), на южной прясле западной стены – преподобных Евфимия и Георгия Святогорцев. На западной стене находились ныне утраченные росписи: над входным проемом – ростовой образ преподобного Прохора Грузина, южнее двери – образы равноапостольных Константина и Елены, на северной половине – грузинских царей св. Мириана, св. Вахтанга Горгасали и Баграта IV, с именем которых связаны основные этапы строительства Крестового монастыря. На крайних отрезках стены были изображены современники архимандрита Никифора (Ирбаха) – приближённые князя Дадиани и групповой портрет братии Крестового монастыря. Ктиторский портрет семьи Дадиани размещался в восточной части южной стены храма. На западной стене были выполнены образы равноапостольных Константина и Елены и легендарных основателей обители, а также современников архимандрита Никифора (Ирбаха). Этот ряд изображений объединён идеями утверждения прав грузин на Крестовый монастырь как его основателей и первых строителей и связи грузинского православия со Святой землёй. В надписях, раскрытых в 1960 г., во время реставрации при участии Д.И. Абашидзе, А.Г. Шанидзе и И.Г. Церетели, особо подчёркнута национальная принадлежность изображённых, например, преподобные Евфимий и Георгий Святогорцы были именованы как «Св. Евфимий Грузин» и «Св. Георгий Грузин». На столбах храма, у ног святых, помещены небольшие коленопреклонённые фигурки ктиторов монастыря времени архимандрита Никифора (Ирбаха), а также уникальное изображение Шота Руставели. Он написан на восточной стороне юго-западного столба коленопреклонённым между преподобными Максимом Исповедником и Иоанном Дамаскином, в одеянии высокопоставленного светского лица: белой шапке с круглым верхом, длинной красной мантии с ложным рукавом поверх сине-зелёной нижней одежды. Портрет был закрашен на рубеже XIX и XX вв., открыт в 1960 г.; повреждён вандалами в 2004 г., ныне вновь восстановлен. Датировка изображения остаётся дискуссионной. Тинатин Багратовна Вирсаладзе предполагает, что фигурки ктиторов, включая Руставели как одного из поновителей росписи Крестового монастыря, могли быть дописаны в композиции более ранних фресок во время архимандрита Никифора (Ирбаха). Исследователи отмечают, что стиль живописи собора соответствует особенностям палеологовского искусства, однако рисунок более резкий, моделировка схематична и колорит суше. Примером такого стиля в росписи исследователи называют фигуру архангела Гавриила, близкую по исполнению к аналогичной фреске XVI в. из собора Пресвятой Богородицы монастыря Гелати. Вместе с тем сохранились фрески, выполненные в более утончённой иконописной манере, – они отличаются стройными пропорциями, свободной постановкой и моделировкой фигур, изящным рисунком складок. К числу таких изображений относятся Христос Пантократор и Богоматерь «Одигитрия», пророки Давид и Соломон, композиция «Встреча Марии и Елисаветы», преподобные Иоанн Дамаскин и Максим Исповедник, пророк Захария и св. Иоанн Предтеча. Исследователи полагают, что в их основе сохранилась живопись XIV в., и они подверглись меньшему поновлению в XVII в.