В результате, по мнению комиссии, «перегибы при закрытии церквей дают возможность активным религиозникам выступать под флагом защиты советского законодательства и действовать, опираясь на советские законы, нарушаемые перегибщиками». От местных властей при закрытии храмов требовалось хотя бы формальное исполнение принятых юридических норм и правильное оформление документации, однако до половины всех дел о ликвидации приходов отправлялось на доработку в местные инстанции из-за разных технических нарушений (храмы при этом оставались закрытыми). При принятии окончательного решения о судьбе молитвенных зданий в подавляющем большинстве случаев комиссия поддерживала решения местных властей о ликвидации храмов. В 1934 г. из 105 рассмотренных дел было утверждено закрытие 91 храма, отменено закрытие 14; в 1935 г. закрыто 323 храма, возвращено верующим 50; в 1936 г. ликвидировано 308 храмов, возвращено 112; в 1937 г. закрыли 253, вернули общинам 87 молитвенных зданий. Впрочем, часто закрытие храмов проходило без участия Комиссии по вопросам культов, в некоторых случаях местные власти отказывались подчиниться решениям комиссии. Например, горсовет Армавира, который долгое время игнорировал обращения комиссии, дал ответ, что «всякое отступление в вопросе ликвидации церквей вызовет новое оживление монашеского и поповского элемента, что, безусловно, внесёт большой тормоз и прямой срыв работы в районе». Обычным явлением стали доносы представителей местных властей в высшие партийные органы на членов Комиссии по вопросам культов – их обвиняли в «намеренном сдерживании наступления на антирелигиозном фронте». П.А. Красиков писал в ЦК ВКП(б), что у местных работников «в ходу административные приёмы, застращивания, репрессии. Отдельные работники всех верующих считают контрреволюционерами, а, следовательно, и не желают считаться с их просьбами, хотя и вполне законными». Председатель Комиссии по вопросам культов отмечал «откровенную погоню за цифрами о закрытии культовых зданий». Комиссия по вопросам культов пыталась обосновать свою умеренную линию в религиозной политике, связывая её с подготовкой принятия новой Конституции СССР. В начале 1936 г. П.А. Красиков подал в ЦК ВКП(б) докладную записку «Состояние религиозных организаций в СССР. Отношение их к проекту новой конституции. Работа Комиссии культов ЦИК СССР и практика проведения законодательства о религиозных культах». В документе отмечалось «большое количество грубых нарушений советского законодательства о религиозных культах на местах. Причём количество нарушений за последние годы растёт. Этот рост объясняется тем, что работники на местах недооценивают культовые вопросы, не понимают всей их политической глубины».