Особо подчёркивалось, что «религиозные объединения правами юридических лиц не пользуются». 30 мая 1931 г. ВЦИК утвердил «Положение о Постоянной Центральной и местных комиссиях по рассмотрению религиозных вопросов» (в официальных документах употреблялись различные варианты названия учреждения, но чаще она называлась Комиссией по вопросам культов или Культовой комиссией). На Комиссию по вопросам культов возлагалось «общее руководство и наблюдение за правильным проведением в жизнь политики Партии и правительства в области применения законов о культах на всей территории РСФСР». Комиссия должна была разрабатывать законопроекты по религиозным вопросам, следить за выполнением законодательства в религиозной сфере, регулярно докладывать Президиуму ВЦИК о религиозной обстановке в стране. Комиссия имела право давать поручения по вопросам, связанным с религиозными культами, всем центральным и местным органам РСФСР в пределах их компетенции. ВЦИК обязал все ведомства РСФСР согласовывать с Комиссией по вопросам культов свою деятельность по религиозным вопросам. При край- и облисполкомах, ЦИК автономных республик РСФСР в 1931–1932 гг. были образованы постоянные комиссии по вопросам культов. Процесс формирования комиссий был длительным, не во всех регионах данные структуры были образованы одновременно. Первыми были сформированы и приступили к работе в сентябре 1931 г. областные культовые комиссии в Москве, Ленинграде, Нижнем Новгороде, Самаре. Руководителем местной комиссии, как правило, назначался секретарь президиума исполкома, в его штате работали делопроизводители и ответственные секретари. Комиссия занималась приемом жалоб и обращений от верующих, составлением отчётов по религиозной ситуации для отправки в Москву. Местные культовые комиссии являлись передаточным звеном между комиссией ВЦИК и государственными органами российских регионов, но фактически, скорее, были подразделениями местных властных структур, чем территориальной структурой Комиссии по вопросам культов. Из союзных республик Белоруссия первой переняла опыт РСФСР. В 1933 г. была образована Центральная комиссия по делам культов при Президиуме ЦИК Белорусской ССР. Однако руководство Украинской ССР, второй по количеству зарегистрированных религиозных общин после РСФСР, отказалось от создания республиканской Комиссии по вопросам культов. С 1923 г. на Украине при Центральном административном управлении НКВД УССР существовал отдел по делам культов с низовыми структурами – отделами по делам культов при губернских административных отделах (с 1924 г. – подотделы). В 1925 г. в губернских администрациях были введены должности старших инспекторов по делам культов, подотделы культов были переименованы в Инспектуры культов, с сентября 1930 г. при них дополнительно вводились должности референтов по делам культов. После того как 28 декабря 1930 г. НКВД Украинской ССР был упразднён, существовавшая при нём Инспектура культов перешла в ведение Всеукраинского ЦИК Советов (ВУЦИК). В подчинении Секретариата Президиума ВУЦИК находились инспекторы по делам культов при облисполкомах.