Комиссия по вопросам культов неоднократно обращалась в Президиум ЦИК СССР с предложением «ускорить издание Союзного законодательства о религиозных объединениях, выработать инструкцию о порядке использования молитвенных зданий и опубликовать их в специальном бюллетене», представляла проекты этих законов, но они не были утверждены. Возникли и технические трудности. ВЦИК отказался обслуживать комиссию силами своего аппарата, как делал это раньше, а аппарат союзного ЦИК не предоставлял комиссии необходимое обеспечение. Столкнувшись с несоответствием решений властей союзных республик (прежде всего, по закрытию культовых зданий) нормам законодательства о культах в РСФСР, Комиссия по вопросам культов стала возвращать в ЦИК союзных республик неутвержденными решения о закрытии молитвенных зданий. Комиссия выступала за то, чтобы отложить дела о закрытии молитвенных зданий, поступившие из Украинской и Белорусской ССР, до принятия общесоюзного религиозного законодательства и Положения о союзной комиссии. Однако ЦИК союзных республик, ссылаясь на отсутствие закона СССР о культах, добились признания за ними права окончательного разрешения вопросов о закрытии молитвенных зданий. Комиссия по вопросам культов могла лишь выразить негативное мнение о практике конфессиональной политики в союзных республиках, указывая на «перегибы» и «ненормальность» в решении религиозных вопросов, и просить органы власти союзных республик исправить допущенные ошибки. Так, в начале 1936 г. П.А. Красиков обратился к ВУЦИК и ЦИК Белорусской ССР с заявлением о недопустимости проводимых там массовых закрытий молитвенных зданий и произвольного налогообложения церквей и духовенства, вызывавших поток жалоб от «не освободившихся от религиозных пережитков» граждан. Глава комиссии осудил тех местных сотрудников, которые «предпочитают массово разъяснительной работе методы административного нажима на религиозные организации и служителей культа и таким образом пытаются «покончить с религией»». Серьёзной проблемой было отсутствие информации о религиозных организациях в союзных республиках. Для получения необходимых сведений по поступавшим жалобам сотрудникам комиссии приходилось выезжать на места, но ввиду отсутствия обеспечения со стороны секретариата ЦИК СССР командировки часто откладывались по финансовым причинам. В марте 1936 г. Комиссия по вопросам культов выпустила постановление о включении в инструкцию СНК СССР, регулировавшую отчётность местных органов власти, пункта о предоставлении два раза в год сведений о молитвенных зданиях всех культов. Однако проконтролировать правильность предоставляемых местными органами сведений комиссия не могла. Сравнительно больших успехов Комиссия по вопросам культов добилась в регионах РСФСР, где она выступала преемницей комиссии при Президиуме ВЦИК. Были заслушаны отчёты исполкомов Воронежской и Западной областей, Куйбышевского края, ЦИК Татарской АССР, и выявилось множество фактов отступлений от законов, ряд работников были привлечены к административной ответственности. Однако при этом исследователи учитывают, что «перегибы» и «голое администрирование» местных властей при закрытии церквей осуждались не как нарушение прав верующих, а как поспешность при отсутствии предварительной «массовой разъяснительной работы» (т.е. антицерковной пропагандистской кампании).