Деятельность Комиссии по вопросам культов и раньше неоднократно выходила за административные границы РСФСР, поскольку обращения по поводу нарушения религиозного законодательства обычно направлялись на имя председателя ВЦИК Михаила Ивановича Калинина, который одновременно был и председателем ЦИК СССР. В состав Комиссии по вопросам культов с 1930 г. входили представители от Украинской ССР, Узбекской ССР и Закавказской СФСР. Наиболее важные решения комиссии проводились не только через Президиум ВЦИК, но и через Президиум ЦИК СССР, что означало распространение их действия на всю территорию Советского Союза. Инициатива П.Г. Смидовича нашла поддержку у советского руководства. 3 апреля 1934 г. секретариаты ЦИК СССР и ВЦИК согласовали вопрос об образовании при Президиуме ЦИК СССР Комиссии по культовым вопросам. В соответствии с этим решением 20 апреля того же года Президиум ВЦИК принял постановление «Об упразднении Комиссии по рассмотрению религиозных культов», а 7 мая последовало постановление Президиума ВЦИК СССР «Об образовании Постоянной Комиссии по рассмотрению культовых вопросов». Хотя формально была создана новая комиссия, фактически речь шла о преобразовании прежней во всесоюзный орган путём её переподчинения и наделения дополнительными полномочиями. 26 мая 1934 г. состоялось первое заседание Комиссии по вопросам культов в новом качестве. В её состав вошли представители союзных республик, Верховного Суда и Прокуратуры СССР, НКВД, ВЦСПС, Института философии Коммунистической академии, Центрального совета Союза воинствующих безбожников. Первоочередной задачей было признано «введение единой практики и единых методов в работе культовых Комиссий союзных республик», а также «единого для всех ССР закона о религиозных объединениях». Функции Комиссии по вопросам культов остались прежними: разработка проектов постановлений по вопросам, связанным с деятельностью религиозных организаций, рассмотрение жалоб и заявлений верующих и их организаций, учёт обществ, групп верующих и духовенства, разъяснение норм законодательства о культах. Также Центральная комиссия должна была координировать работу комиссий по культовым вопросам при Президиумах ЦИК союзных республик. Во второй половине 1934 г. состоялись заседания, на которых были заслушаны отчёты представителей Украины, Белоруссии, Узбекистана, Армении, Грузии. Была достигнута договорённость с комиссиями союзных республик о совместной работе над проектом закона о религиозных культах, об обмене информацией о религиозной ситуации на местах, о принимаемых правовых актах. Был выработан порядок рассмотрения материалов о закрытии культовых зданий и о коллективных жалобах верующих. Право окончательного решения по этим вопросам закреплялось за Президиумом ЦИК СССР, материалы на рассмотрение должна была представлять Центральная комиссия. После того как 16 апреля 1935 г. скончался П.Г. Смидович, новым главой комиссии стал П.А. Красиков. Переподчинение Президиуму ЦИК СССР оказалось в целом формальным решением. Комиссии не удалось преобразоваться в действующий всесоюзный орган, прежде всего, из-за отсутствия соответствующей законодательной базы.