На новом этапе Советское государство, расширяя «фронт антицерковной борьбы», перешло к подавлению низовых, массовых религиозных объединений – общин и приходов. Для этого наряду с силовыми методами должны были активно использоваться административные меры: введение жёстких правил регистрации религиозных объединений и содержания молитвенных зданий, повышение налогов на духовенство, ограничение колокольного звона и т.п. Всё это должно было стать сферой деятельности новой государственной структуры. 8 апреля 1929 г. ВЦИК и СНК РСФСР приняли постановление «О религиозных объединениях», ставшее основой советского законодательства в религиозной сфере. Одновременно было принято решение о создании при Президиуме ВЦИК органа по контролю над исполнением религиозного законодательства – Комиссии по вопросам культов. Новой комиссии официально делегировались те функции, которые были закреплены за ВЦИК: разработка законодательных актов, издание инструкций и циркуляров по конфессиональным вопросам для местных органов власти, решение вопросов регистрации и снятия с регистрации религиозных обществ, закрытие или дальнейшее использование молитвенных зданий, изъятие культового имущества. 30 ноября 1929 г. прекратила существование Антирелигиозная комиссия при ЦК ВКП(б), что фактически означало переход функций руководящего органа советской конфессиональной политики к Комиссии по вопросам культов. Она также стала курировать антирелигиозную пропаганду, но за эту работу отчитывалась не перед ВЦИК, а перед ЦК ВКП(б). Принципиальным отличием Комиссии по вопросам культов от Антирелигиозной комиссии было отсутствие у комиссии ВЦИК полномочий контролировать органы государственной безопасности. Напротив, в ряде случаев ОГПУ рекомендовало членам комиссии пересматривать уже принятые решения (например, по поводу возвращения верующим закрытого храма, если это имело бы нежелательные, по мнению ОГПУ, последствия). Первым председателем Комиссии по вопросам культов стал П.Г. Смидович, а его заместителем – прокурор (впоследствии заместитель председателя) Верховного Суда СССР Пётр Ананьевич Красиков (бывший глава Ликвидационного отдела Наркомюста), ответственным секретарём комиссии до февраля 1932 г. был Евгений Александрович Тучков, начальник шестого отделения Секретного отдела ОГПУ, занимавшегося «церковной контрреволюцией». Раньше П.Г. Смидович, П.А. Красиков и Е.А. Тучков были постоянными членами Антирелигиозной комиссии. В состав Комиссии по вопросам культов входили представители НКВД РСФСР, прокуратуры, Наркомата финансов, Наркомата просвещения, Всесоюзного Центрального Совета профессиональных союзов, Союза воинствующих безбожников, Института философии Коммунистической академии, других центральных ведомств и организаций (представительство тех или иных структур в комиссии периодически менялось). Для работы в комиссии приглашали представителей ЦИК союзных и автономных республик, краевых и областных исполкомов РСФСР. Таким образом, Комиссия по вопросам культов была межведомственной структурой, члены которой, за исключением небольшого штата технических сотрудников, совмещали деятельность в ней с основной работой в других учреждениях.