Предполагалось, что комиссия должна собираться на общие заседания два – три раза в месяц, фактически такие собрания проводились гораздо реже – от 8 до 15 раз в год. Введение законодательства, закрепившего основные права и обязанности религиозных объединений, и создание при высшем представительском органе власти специального учреждения по религиозным вопросам иногда представляются как осознание партийным и советским руководством «необходимости признания наличия верующего населения и налаживания государственно-конфессиональных отношений», при этом целью учреждённой комиссии называют защиту прав верующих от административного произвола. Однако фактически законодательство 1929 г., установившее для религиозных общин строгие ограничительные правила и карательные санкции за их нарушение, утвердило дальнейшее наступление на права верующих и значительно ухудшило их положение. Комиссия по вопросам культов (так же как и Антирелигиозная комиссия) проводила такую церковную политику, которая «постепенно все более и более суживала круг деятельности религиозных организаций» при «осторожности в деле проведения административных мер, затрагивающих широкие слои верующих». В то же время по конкретным вопросам антирелигиозной борьбы члены Комиссии по вопросам культов, как правило, выступали более осмотрительно, чем представители местных государственных и партийных органов. Для общин верующих Комиссия по вопросам культов оставалась последней инстанцией, куда они могли обращаться с жалобами на местные власти и в некоторых случаях получали поддержку. В определённом смысле деятельность Комиссии по вопросам культов играла положительную роль, ненадолго отсрочив закрытие части храмов и несколько снизив налоговую нагрузку на приходы и духовенство. В 1929 г. члены комиссии занимались, в основном, вопросами собственной организации, с начала 1930 г. заседания проходили уже регулярно. Начало работы комиссии совпало с проведением в стране ускоренной коллективизации сельского хозяйства и связанной с ней новой антицерковной кампании. Сельское духовенство и приходы были обложены непосильными налогами. Неспособных рассчитаться с государством священников раскулачивали, происходило массовое закрытие церквей, в том числе по решению организованных властями собраний неверующих жителей. На первых заседаниях Комиссия по вопросам культов поддерживала меры по усилению давления на церковь. Так, 6 января 1930 г. Е.А. Тучков выступил с докладом о действующих монастырях. Комиссия приняла решение провести в трёхмесячный срок ликвидацию всех ещё существовавших монастырей силами НКВД. 26 января комиссия обсуждала вопрос о запрещении колокольного звона и об изъятии церковных колоколов, взяв за основу инструкцию, подготовленную НКВД. На следующем заседании было одобрено «активное участие широких масс» в закрытии храмов и предложено пересмотреть принятое 8 апреля 1929 г. Постановление ВЦИК и СНК РСФСР «в сторону упрощения процесса закрытия» церквей.