Наркомату финансов было дано поручение составить инструкцию «в целях урегулирования обложения молитвенных зданий и служителей культа». Соответствующая инструкция (от 20 февраля 1931 г.) была принята только через год и на практике часто не соблюдалась местными органами власти: со священнослужителей требовали выполнения заведомо невыполнимых обязательств. В работе комиссии соблюдался принцип равного отношения ко всем религиозным конфессиям, что в отличие от раннего периода не было только декларативным утверждением. Советские власти отказались от практиковавшейся в 1920 гг. в целях ослабления канонической православной церкви негласной поддержки обновленчества, григорианского раскола, а также от более снисходительного отношения к тем религиозным объединениям, которые рассматривались как пострадавшие при царизме. На новом этапе все легально действовавшие религиозные организации в СССР подвергались административному давлению со стороны Советского государства практически в одинаковой степени. Ухудшение положения почувствовали представители всех конфессий, о чём исследователи судят по обращениям их представителей в Комиссию по вопросам культов. Председатель обновленческого синода «митрополит» Вениамин (Муратовский) ещё 11 мая 1929 г. обратился к председателю только что образованной Комиссии по вопросам культов П.Г. Смидовичу с заверениями в своей полной поддержке решений советской власти и с просьбой не допустить закрытия обновленческих церквей в Москве. Малораспространённое на селе обновленчество в меньшей степени пострадало во время коллективизации и раскулачивания, однако проходившее в то же время закрытие городских церквей затронуло и обновленческие приходы. В мае 1930 г. П.Г. Смидович принял председателя Центрального духовного управления мусульман в Уфе муфтия Ризаитдина Фахретдиновича Фахретдинова, который сообщил о происходивших во время коллективизации мусульманских селений закрытиях мечетей, о наложении непосильного налога, о штрафах и об арестах за их неуплату, о раскулачивании служителей культа, о высылке их на принудительные работы, об изъятии у верующих Корана и других религиозных книг, о запрещении молитвенных собраний и т.д. 15 декабря 1930 г. в связи с созданием НКВД СССР был упразднён НКВД РСФСР, среди его функций был общий надзор за деятельностью религиозных объединений, в том числе регистрация и учёт их местных общин. Постановлением Президиума ВЦИК от 31 декабря 1930 г. эти функции перешли к Комиссии по вопросам культов. При этом на местах до завершения формирования местных культовых комиссий функции регистрации и регламентации деятельности религиозных общин выполняли подотделы административного надзора при секретариатах областных и краевых исполкомов. 16 января 1931 г. комиссия приняла инструкцию «О порядке проведения в жизнь законодательства о культах». В инструкции были записаны правила регистрации и ликвидации религиозных объединений, указаны их права и обязанности, виды запрещённой деятельности (просветительская, благотворительная и др.).