В других союзных республиках специальные учреждения по вопросам религиозных культов появились только после 1934 г. Отношения Комиссии по вопросам культов и местных властей складывались сложно. Глава комиссии П.Г. Смидович в докладах в Президиум ВЦИК и в ЦК ВКП(б) постоянно говорил о «перегибах» и «небрежном отношении» к религиозным проблемам на местах. В свою очередь, исполкомы краёв, областей и автономных республик часто игнорировали директивы комиссии, хотя они были утверждены как распоряжения Президиума ВЦИК. Местные органы власти либо не предоставляли отчётов о религиозной ситуации, либо давали недостоверную информацию. Прежде всего, искажались сведения о количестве упразднённых храмов, большинство из которых были закрыты местными властями незаконно, с нарушением существовавшего порядка и без уведомления Комиссии по вопросам культов. Так, например, в Ленинградской области за 1932 г. общее число зарегистрированных храмов уменьшилось на 355, но ВЦИК за этот период утвердил закрытие лишь 32 церквей. Такое соотношение «законного» и «незаконного» закрытия храмов в начале 1930 гг. было характерно и для других регионов РСФСР. Однако признание незаконности закрытия церкви не означало её автоматического открытия. В декабре 1932 г., после вызова в Москву представителей Горьковского крайисполкома для разбора их деятельности, из 305 молитвенных зданий, закрытых в Горьковском крае, было решено вернуть верующим только 119. С 1933 г. в деятельности комиссии вновь прослеживается переход к более жёстким административным мерам, что, как полагают исследователи, отражало изменение общего курса партийно-советского руководства страны. 16 февраля 1933 г. Комиссия по вопросам культов приняла постановление «О состоянии религиозных организаций». В документе говорилось об угрозе создания в религиозных организациях «контрреволюционных центров», в связи с чем предлагалось решительно сократить «возможности влияния служителей культа в массах трудящихся». На практике это означало ограничение даже богослужебной деятельности. Увеличилось и налогообложение священнослужителей. 26 ноября 1934 г. Комиссия по вопросам культов постановила взыскивать со служителей культа в сельской местности налог при сдаче зерна, мяса, картофеля и т.п. с «надбавкой в пределах 75%», поскольку «служение культу и наличие доходов от такого служения должно являться признаком для отнесения хозяйства служителя культа к числу кулацких хозяйств». Ужесточение политики по отношению к религиозным объединениям сопровождалось стремлением руководства комиссии распространить свою деятельность на всю территорию страны. В январе 1934 г. П.Г. Смидович обратился в Президиум ЦИК СССР с докладной запиской, в которой обратил внимание на «ненормальность сложившегося положения, когда в республиках не было единства в решении одних и тех же вопросов, связанных с законодательством о религиозных культах, как не было и единой системы органов, отвечающих за проведение этого направления советской работы». П.Г. Смидович предложил принять общесоюзный законодательный акт по регулированию деятельности религиозных организаций и создать общесоюзный государственный орган, ответственный за церковную политику, для чего «расширить деятельность постоянной культовой комиссии при Президиуме ВЦИК, развернув её в орган союзного значения при Президиуме ЦИК Союза ССР».