В это время экзархом был митрополит Кефалинийский, ему должен был наследовать митрополит Закинфский. Симпатизировавшие митрополиту Афанасию греческие власти нарушили очерёдность, и экзархом был избран митрополит Керкирский, что привело к нестроениям в церковной жизни Ионических островов. Несмотря на протесты других иерархов, Афанасий подал в Синод Элладской церкви документ с просьбой об объединении церквей, этот документ был передан Синодом Константинопольскому патриарху, который удовлетворил прошение соответствующим томосом (июль 1865 г.). Титул архиепископа Ионических островов был упразднён, но Афанасий сохранял титул архиепископа Керкирского до своей смерти в 1870 г. В 1872 г. к Керкирской митрополии был присоединён остров Пакси. В 1873 г. Священный Синод предложил кандидатуру Керкирского митрополита Антония (Хариатиса) на Афинскую кафедру, но эта кандидатура была отклонена правительством Э. Делигеоргиса. Им была создана церковная школа, поскольку в 1865 г. были закрыты Ионическая академия, соответственно богословский факультет и семинария. В 1878 г. митрополит Антоний учредил церковную кассу. Его преемниками были церковные писатели Евстафий (Вулисмас) и Севастиан (Никокавурас). В 1900 г. Керкирская епархия стала именоваться Керкирской и Паксийской епископией, а с 1922 г. – Керкирской и Паксийской митрополией. В 1922–1930 гг. кафедру занимал митрополит Афинагор (Спиру, впоследствии архиепископ Американский и патриарх Константинопольский Афинагор I). Он открыл на острове семинарию, благотворительное общество «Святой Спиридон» и интернат «Керкирская школа». Образцом патриотического служения был митрополит Мефодий (Кондостанос; 1942–1967 гг.), первые годы архиерейства которого совпали с периодом фашистской оккупации. В 1944 г. в митрополичий собор были перенесены мощи Арсения Керкирского, присвоенные католиками ещё в правление Карла I Анжуйского. По инициативе митрополита Мефодия (Кондостаноса) в название митрополии было включено упоминание «Заморских островов». В 1967 г. он был вынужден оставить кафедру из-за введённого хунтой закона о максимальном возрасте правящих архиереев (80 лет). В 1953 г. в епархии насчитывалось 306 церквей: 95 приходских, 192 коллегиальные и 19 монастырских; в 1968 г. – 796 церквей: 96 приходских, 211 коллегиальных, 256 частных, 220 приходских парекклисионов, семь монастырских храмов, две церкви при учреждениях, два кладбищенских храма, один храм, имеющий статус византийского памятника, один – имеющий статус места паломничества. В настоящее время (2013 г.) в епархии действует 188 приходских храмов, три коллегиальных храма, 360 парекклисионов, 12 экзокклисионов, 20 кладбищенских церквей, 70 домовых церквей, 25 монастырских храмов. В митрополии действует ряд благотворительных учреждений (центр «Платитера» для хронических больных, центр обучения детей с ограниченными возможностями, касса помощи бедным «Святой Спиридон», программа бесплатного питания «Хлеб насущный» и др.), информационно-образовательное общество «Святой Спиридон», церковная гостиница в монастыре великомучеников Феодоров в Камаре, Византийский музей в церкви св. Отцов первого Вселенского собора. В духовно-просветительском центре митрополии размещаются школа церковной музыки, союз христианских учёных и союз богословов.