В 1755 г. генеральный проведитор моря А. Сагредо издал закон, регулировавший статус религиозных общин на Ионических островах и внутрицерковное управление православной общины. В этих вопросах закон А. Сагредо основывался на предыдущих законах (например, подтверждались привилегии «Священного ордена», и предусматривалось строгое соблюдение постановления 1631 г. об обязательных экзаменах для кандидатов в священники, которое нередко нарушалось). Закон А. Сагредо также упорядочивал вопросы организации монастырей и храмов и управления ими. В этой сфере были проведены значительные преобразования. На каждом из Ионических островов была учреждена должность министра св. мест для контроля над распоряжением церковным имуществом как православных, так и католиков. Из-за большого числа храмов на Керкиру было назначено два министра. Это нововведение ограничивало власть протопресвитера, в том числе был отменён пожизненный срок игуменства, и введены выборы игумена каждые два года. Закон А. Сагредо положил конец практике совершения богослужения одним священником в нескольких храмах, тогда как другие оставались без приходов. Из двух знатных керкирских семей происходили просвещённые иерархи Евгений (Булгарис) и Никифор (Феотоки), судьба которых связана с Россией (в 1780 г. жители Керкиры хотели пригласить последнего в качестве архиерея). 29–30 июня 1797 г. Керкиру без боя заняли французские войска. Великий протопресвитер во время торжественной встречи вручил генералу А. Джентили «Одиссею» Гомера. 17 октября 1797 г. по условиям Кампоформийского мира Ионические острова были признаны французским владением; был образован департамент Керкиры, включавший также острова Пакси, Андипакси и города Парга, Бутринти. Было сформировано переходное правительство, в котором участвовали все слои общества (пять нобилей, три представителя православного и два – католического духовенства, один ремесленник, десять буржуа, семь земледельцев). В 1798 г. латинский архиепископ был вынужден покинуть Керкиру. Вскоре наступило разочарование как экономической (увеличение налогового бремени), так и религиозной политикой французов (конфискация церковных владений, роспуск «Священного ордена», запрет колокольного звона, изъятие из храмов драгоценной утвари). Решение убрать мощи святителя Спиридона из собора вызвало всеобщее негодование. Поэтому, когда в конце октября 1798 г. к острову подошли российский и турецкий флоты под командованием вице-адмирала праведного Фёдора Фёдоровича Ушакова и осадили французский гарнизон в городе Керкира, местное население помогало во взятии крепости. После штурма 18–20 февраля 1799 г. французы капитулировали. Великий протопресвитер встретил Ф.Ф. Ушакова в воротах крепости, торжественное шествие проследовало в собор Спиридона Тримифунтского, где был отслужен молебен в честь освобождения Керкиры от «безбожных французов». На Ионических островах было образовано новое государство – Республика Семи Соединённых Островов под двойным протекторатом России и Турции (1799–1807 гг.). По инициативе Ф.Ф. Ушакова в 1799 г. на Керкире была восстановлена архиерейская кафедра.