Но в 1599 г. Сенат Венеции направил Керкирскому архиепископу Винченцо Кверини письмо, в котором напоминалось о решении 1580 г. не принуждать невест (и католичек, и православных) менять веру. Этот документ, позволявший каждому из супругов оставаться в своей вере, был подтверждён Сенатом Венеции в 1710 г. Стремление папы Римского Григория XIII ввести в обиход новый стиль (1582–1583 гг.) вызвало бурный протест греков. С 1588 г. по особому разрешению папы Сикста V керкирские католики во избежание конфликтов стали отмечать Пасху и другие праздники в те же дни, что и православные. В 1716 г. турецкий флот, осадивший Керкиру, был уничтожен сильной бурей по заступничеству святителя Спиридона. В честь этого события генерал-капитан Андреа Пизани решил поставить в соборе святителя Спиридона латинский престол для ежедневного совершения мессы. Но он не успел осуществить своё намерение, т.к. погиб при взрыве порохового склада в Старой крепости (1718 г.). Православные восприняли это как божественную кару, впоследствии преподобный Афанасий Паросский составил в память об этих событиях службу «Небесный суд». Особенностью церковной жизни Керкиры являлось большое число духовенства (количество священнослужителей никогда не составляло меньше 200 человек) и храмов. В 1675 г. только в городе Керкира действовал 21 приходский храм. В переписи 1755 г. указано 569 церквей (38 в столице острова и 531 в сельской местности) без учёта парекклисионов, число которых было огромным. На острове Пакси в 1686 г. существовало 39 храмов, в 1739 г. – 45, в 1781 г. – 51. Храмы делились на четыре категории. Преобладали «коллегиальные», или «братчины», прихожанами которых являлись представители одного рода или профессии, ктиторские частные, ктиторские общественные и монастырские. Постройка большого числа частных храмов исследователи объясняют тем, что в 1504 г. после бурных протестов православных венецианские власти освободили храмы от всякого налогообложения. Распоряжением 1584 г. великому протопресвитеру вменялся в обязанность надзор за частными и монастырскими храмами. Все монастыри венецианского периода были общежительными. Обязанностью православного духовенства Керкиры было участие в важнейших католических церковных торжествах. Этот обычай появился раньше XVI в. Согласно документу 1636 г. из Исторического архива Керкиры, православный клир должен был участвовать в процессиях в дни памяти апостола Марка, святых Бернардина, Иустины, Фабиана и Себастиана, в праздники Благовещения (день основания Венецианской республики), Тела Господня и в Страстную пятницу. Кроме того, в «Церемониале» 1758 г. упоминаются пасхальная вечерня и вечерня святителя Спиридона Тримифунтского (11 декабря). Православное духовенство также присутствовало на светских церемониях: торжественных въездах нового латинского архиепископа, капитана-проведитора и генерального проведитора моря, похоронах латинского архиепископа и знатных керкирцев, годовщинах победы над турецким флотом в битве при Лепанто. Великий протопресвитер и члены «Священного ордена» должны были наносить визит латинскому архиепископу с пожеланием многолетия три раза в год: накануне праздников Рождества Христова, Богоявления и памяти апостолов Петра и Павла.