7 июля 1799 г. митрополитом был избран Георгий (Халикиопулос-Мандзарос), занимавший должность великого протопресвитера, но он внезапно скончался до совершения архиерейской хиротонии. В новых выборах участвовали два кандидата – Пётр Поликарп Вулгарис и великий дидаскал Никифор (Феотоки), бывший архиепископ Славянский и Херсонский. В октябре 1799 г. большинство голосов получил П.П. Вулгарис, но его избрание было признано неканоническим, т.к. он был женат, имел детей и внуков. В результате повторных выборов 27 декабря 1799 г. митрополитом стал Иерофей (Кигалас, Цигалас или Дзигалас), хиротонисанный 2 февраля 1800 г. Конституция 1803 г. провозгласила православие на Ионических островах господствующей религией, а католичество – признанной и находящейся под покровительством. Другие вероисповедания не разрешались. 8 сентября 1803 г. Сенат принял церковный устав (проект которого, как полагают исследователи, был составлен Иоаннисом (Иваном Антоновичем) Каподистрией), регламентировавший вопросы отправления церковного правосудия, священнические обязанности и наказания. Для Ионических островов, на которых не было епископской кафедры, была учреждена должность великого эконома. В 1805 г. Сенат для изыскания средств на создание школ закрыл ряд монастырей и регламентировал управление их владениями. Была создана комиссия, исполнявшая функции упразднённого в 1804 г. министра св. мест: магистрат по управлению церковным имуществом, переданным на общественное образование, и св. местами. Члены магистрата и администрации острова составляли коллегию св. мест. Они осуществляли надзор за управлением как упразднённых, так и действующих монастырей и храмов. В ноябре 1805 г. была открыта высшая школа (так называемая школа Тенеду), обучение в которой было обязательным для государственных служащих и клириков. В 1807 г. по Тильзитскому миру Ионические острова снова перешли под французский контроль. Французы хотя и упразднили Конституцию 1803 г., ничего не меняли в церковном управлении до 1811 г., когда был принят церковный устав, основанный на законе А. Сагредо и постановлениях Сената последнего десятилетия. Французские войска оставались на Керкире дольше, чем на других Ионических островах. В апреле 1814 г. она была занята английским флотом, а в ноябре 1815 г. была провозглашена Ионическая республика под протекторатом Великобритании, просуществовавшая до 1864 г. Согласно Конституции 1817 г., главенствующей была объявлена восточная православная церковь. Учреждалась Ионическая церковь, состоявшая из семи епархий (каждый остров имел архиерея). Иерархи пяти больших островов (Керкиры, Кефалинии, Закинфа, Лефкады и Китиры) носили титул митрополита, а Итаки и Пакси – епископа. Главой Ионической церкви был избираемый на пять лет один из пяти митрополитов, который получал титул архиепископа и экзарха. Его кандидатура одобрялась Константинопольским патриархом. Церковное имущество было конфисковано, а духовенство переведено на положение государственных чиновников. Предлагаемые церковью законы должны были пройти голосование в Ионическом парламенте. Латинская Керкирская архиепископия сохранялась, она существовала под покровительством властей острова, но запрещалось создание новых католических монастырей и общественное отправление культа.