С 1367 по 1799 гг. епархия управлялась великим протопресвитером, которому подчинялись девять сельских протопресвитеров Керкиры и протопресвитер острова Пакси. В 1360 гг. власти Керкиры лишили великого протопресвитера права суда над православным духовенством, передав эту функцию феодалам. Керкирцы обратились с жалобой к Филиппу II, и тот в 1367 г. вернул это право великому протопресвитеру. В том же году Филипп II издал грамоту, согласно которой великий протопресвитер не подчинялся светским властям, но только латинскому архиепископу. В 1382 г. Керкира была захвачена наваррцами, а в 1386 г. жители острова обратились с просьбой к венецианцам взять их под своё покровительство. Между Венецией и керкирской знатью было подписано соглашение, регулировавшее их взаимоотношения. Управление островом осуществлял байло. Кроме того, около 1430 г. на Керкире была учреждена должность проведитора (с конца XVI в. он именовался капитан-проведитор), с начала XVII в. Керкира стала резиденцией наместника всех Ионических островов – генерального проведитора моря (Proveditor Generale da Mar). Великий совет сначала состоял из 70, а затем из 150 человек, которые избирали из своих членов четырёх синдиков, осуществлявших исполнительную власть. Первоначально два синдика должны были быть православными, а два – католиками. Впоследствии с уменьшением числа католиков среди членов Великого совета соотношение стало 3:1, с 1761 г. все синдики могли быть избраны из православных. В 1430 гг. на Керкиру эмигрировало значительное число албанцев. После завоевания турками Константинополя и Пелопоннеса множество беженцев с захваченных территорий обосновались на Керкире. В 1436 г. венецианский байло подчинил православных суду латинского архиепископа, что вызвало сильные протесты местного населения. В 1438 г. византийский император Иоанн VIII Палеолог и Константинопольский патриарх Иосиф II останавливались на Керкире по пути на Ферраро-Флорентийский собор. В 1456 г. сюда из Константинополя были перенесены мощи Спиридона Тримифунтского и благоверной царицы Феодоры, жены византийского императора Феофила. В 1458–1459 гг. архиепископскую кафедру Керкиры занимал бывший Киевский митрополит кардинал Исидор. В 1460 г. на Керкиру бежал из захваченной турками Мореи деспот Фома Палеолог. В 1462 г. его жена Екатерина скончалась на Керкире и была погребена в церкви апостолов Иасона и Сосипатра. В 1480 г. Константинопольский патриарх Максим III обратился с письмом к дожу Джованни Мочениго, в котором жаловался на притеснения венецианцами православных керкирцев. Булла папы Льва Х (1518 г.) призывала латинских епископов прекратить давление на православных подданных Венеции и не вмешиваться в вопросы церковного судопроизводства, хиротоний и богослужения. Эту буллу подтверждали папы Римские Климент VII (1526 г.) и Павел III (1540 г., одобрена венецианским Сенатом в 1544 г.). В 1537 и 1571 гг. турки предприняли неудачные попытки захватить остров. За несколько лет до 1553 г. на Керкире из-за неурожая начался голод. Капитану нагруженного пшеницей корабля, который проплывал недалеко от Керкиры, во сне явился святитель Спиридон Тримифунтский и велел раздать зерно жителям острова. Корабль прибыл на Керкиру в Великую субботу. В память этого события керкирцы ежегодно совершают крестный ход с мощами святого.