Латинский архиепископ Керкиры лишался права именоваться архиепископом и получал титул Primo Dignitario della Chiesa Latina di Corfu (Первый сановник латинской церкви Корфу). Остров Пакси, всегда являвшийся частью Керкирской епархии (после упразднения в XIII в. православной митрополии паксийский протопресвитер подчинялся керкирскому), по Конституции 1817 г. получил статус епископии, подчинённой Керкирской митрополии. После смерти в 1813 г. митрополита Иерофея кафедра долгое время оставалась незамещённой. До 1818 г. обязанности местоблюстителя исполнял Хрисанф (Куфалас (Кефалас)), епископ Парамифийский, бежавший на Керкиру от преследований Али-паши Янинского, а затем Макарий, бывший епископ Рогийский. В 1819 г. председатель Ионического парламента Э. Феотокис принял предложение Дж. Шора, барона Тинмута, президента Британского и иностранного библейского общества, основать Библейское общество на Керкире. Местоблюститель Макарий стал его членом. Перевод на новогреческий язык Священного Писания был поручен профессорам архимандриту Неофиту (Вамвасу) и архимандриту Феоклиту (Фармакидису), но из-за отрицательной позиции Константинопольского патриарха Григория VI и профессора Константина Типалдоса-Иаковатоса (впоследствии епископ Севастопольский) он не был осуществлён. В 1824 г. местоблюститель Макарий был назначен Керкирским митрополитом верховным комиссаром Т. Мейтлендом. После смерти Макария обязанности местоблюстителя в 1827–1833 гг. исполнял Хрисанф, епископ Паксийский. В открывшейся в 1824 г. Ионической академии все преподаватели богословского факультета имели священный сан. При факультете в 1827 г. была учреждена первая на Керкире семинария с четырёхлетним курсом обучения. Принятый в 1833 г. закон подробно регламентировал выборы на Керкире, где митрополита выбирали только иереи. После смерти местоблюстителя Хрисанфа митрополитом был избран иеромонах Хрисанф (Маселлос). С 1838 г. по его инициативе на острове были организованы кладбища (ранее преобладал обычай хоронить покойников в храмах). В 1841 г. митрополит Хрисанф сделал кафедральным собором церковь Пресвятой Богородицы Спилеотиссы вместо церкви св. Таксиарха в Камбиелоне. Преемником митрополита Хрисанфа в 1848 г. был избран великий протосинкелл Афанасий (Политис), выпускник Ионической академии и впоследствии профессор истории церкви и герменевтики. Его хиротония состоялась в 1850 г. В 1853 г. в пользу православного митрополита решился спор, который Афанасий вёл с латинским епископом Керкиры Фрэнсисом Джозефом Николсоном, претендовавшим на титул «архиепископ Керкирский». Митрополит Афанасий (Политис) активно выступал за объединение с Грецией. После вхождения Ионических островов в состав Греческого королевства (1864 г.) встал вопрос об объединении Ионической церкви с Элладской, хотя в статье 4 Лондонского соглашения говорилось о сохранении на Ионических островах статуса религиозных общин, существовавших церковных институтов и законодательства. Греческое правительство обратилось к иерархам Ионических островов, чтобы узнать их мнение. Одни были против объединения, другие колебались, и только Афанасий ответил положительно.