В 1246 г. деспотом Михаилом II были возобновлены привилегии (данные ещё императором Мануилом I) керкирским конгрегациям 32 городских священников во главе с протопресвитером и 33 сельских священников. Время основания конгрегации городских священников, известной под названием «Священный орден», исследователям точно не известно. Высказывалось мнение, что она возникла в 1267 г. после упразднения православной Керкирской митрополии, однако термин «Священный орден» присутствует уже в хрисовуле 1246 г. 33 сельских священника назывались лефтериотами (от греч. – «свобода»). Эти группы духовенства обладали неприкосновенностью и освобождались от всех налогов (в том числе от акростиха – самого большого по размеру вида земельного налога) и от общественных и местных повинностей (в том числе от барщины и участия в работах по строительству крепостей и кораблей). Эти привилегии были наследственными. Члены «Священного ордена» избирались пожизненно, но по серьёзным причинам (старость, болезнь) могли уйти в отставку. В 1259 г. эпирский деспот Михаил II отдал Керкиру в качестве приданого дочери сицилийскому короля Манфреду (ум. в 1266 г.); островом управлял его адмирал Филипп Чинардо. Для оборонительных целей тот снёс резиденцию православного митрополита, не позаботившись о сооружении новой. В 1267 г. (фактически в 1272 г.) Керкира перешла во владение Карла I Анжуйского, короля Сицилии и Неаполя. Управление островом осуществлял назначаемый королём генеральный капитан (Capitaneus generalis). Карл I разделил Керкиру на четыре округа, возглавляемых байлами. Общество делилось на три сословия: благородных (нобили), жителей замка Корфу (burgenses castri de Corpho) и сельское население (homines casalium et villarum insule Corphoy). Ассизы на Керкире не вводились в действие. Великий совет благородных представлял местное население перед королевской властью. Первоначально он был греческим по составу, но затем в нём стали преобладать керкирцы итальянского происхождения, в особенности бароны Неаполитанского королевства. В конце правления Анжуйской династии девять из десяти членов Великого совета были католиками. В последующие века нарастало противостояние феодальной аристократии и экономически возвышающихся семейных кланов за контроль над Великим советом. В 1267 г. (по некоторым сведениям, в 1272 г.) Карл I Анжуйский упразднил на острове православную митрополию. Вскоре для успокоения протестующей православной паствы он разрешил выборы протопресвитеров. В 1277 г. Карл I вывел керкирских иереев из-под власти баронов, и они перешли в прямое подчинение короля. В 1296 г. его сын Карл II определил, что на православное духовенство будет распространяться судебная власть латинского архиепископа (однако исследователям неясно, относилось ли это к членам «Священного ордена» и лефтериотам). В 1354 г. Роберт II Тарантский возобновил действие привилегий, данных в 1246 г. керкирским иереям. В 1356 г. он был вынужден издать два документа в защиту притесняемых 33 иереев, а также об освобождении их от подношения даров и оказания услуг правителю. Эти документы были подтверждены в 1365 г. его братом Филиппом II, в 1376 г. – королём Джованной I, в 1413 г. – венецианским дожем.