В середине VIII в. была образована Кефалинийская фема, в которую входили Ионические острова. В IX в. Керкирская епархия получила статус архиепископии, непосредственно подчинённой Константинопольскому патриарху. По мнению исследователей, это произошло в правление императора Льва VI Мудрого (886–912 гг.), хотя некоторые источники называют первым Керкирским архиепископом святителя Арсения (около 933 – около 953 гг.), гимнографа и писателя. С. Авурис высказал предположение, что уже в IX в. Керкирская епископия была возведена в ранг митрополии, однако современные исследователи считают, что это произошло в XI в. В Житии преподобного Илии Калабрийского говорится, что в 884 г. этот святой, прибыв на остров, остановился в керкирской епископии. Впоследствии пресвитер Димитрий из Реджо-ди-Калабрия стал преемником керкирского епископа Пахомия. Кафедральным собором являлся храм апостолов Петра и Павла, разрушенный в середине XVI в. Иоанн Скилица упоминает, что в 1033 г. Керкира была сожжена во время арабского набега. В 1081 г. остров подвергся нападению норманнов под предводительством Роберта Гвискара. В 1088 г. впервые упоминается Керкирская митрополия (правда, без подчинённых епископий). Имена Керкирских митрополитов конца XI – начала XIII вв. известны, главным образом, благодаря оставленному ими литературному наследию: поэт и богослов Николай, гимнограф и переводчик Георгий Хониат, автор посланий Георгий Куфара, писатель Василий Педиадит, богослов и гимнограф Георгий Вардан. В 1099 г. Керкира подверглась нападению флота Даймберта, епископа Пизанского. В 1147 г. её захватили норманны, а в 1149 г. освободил император Мануил I Комнин. В 1170 г. церковный Собор в Константинополе осудил Керкирского епископа Константина за еретическое толкование евангельской цитаты «Отец Мой более Меня» (Ин. 14:28). Маловероятным является отождествление Константина Керкирского с Константином Вукинатором, служителем (канстрисием) собора Святой Софии, и с Болгарским архиепископом Константином. В 1185 г. Маргарит из Бриндизи (ум. в 1197 г.), великий адмирал Сицилийского королевства, завоевал Кефалинию и Закинф, а также ненадолго и Керкиру. В 1197–1205 гг. правителем Керкиры был генуэзец Леоне Ветрано, зять Маргарита, казнённый венецианцами после захвата острова. В то же время Византия не переставала считать Ионические острова частью империи, что следует из договора императора Алексея III Ангела с Венецией (1198 г.), в котором говорится о предоставлении венецианцам права свободной торговли с островами Керкира, Кефалиния, Закинф, Лефкада и Итака. Господство венецианцев оказалось недолгим, хотя они успели поселить на острове своих колонистов и, как полагают исследователи, основали латинскую архиепископию, впервые упоминаемую в источниках в 1228 г. В 1214 г. остров отошёл Эпирскому деспотату. В составе деспотата Керкира считалась автономной, управлялась собственным дукой, её жители были практически освобождены от уплаты налогов. Деспот Феодор в 1228 г. подтвердил привилегии православной церкви на Керкире, о которых говорилось в несохранившихся хрисовулах византийских императоров Алексея I и Мануила I Комнинов, Исаакия II и Алексея IV Ангелов (освобождение от светского суда и от налогов духовенства и зависимых крестьян, работавших на церковных землях, дарение церкви крестьян и владений в крепости и вне её).