В венецианский период великий протопресвитер выбирался членами «Священного ордена», 30 представителями благородного сословия, специально делегируемыми Великим советом, и высшими венецианскими чиновниками (байло, генеральный проведитор, два советника и три судьи), а затем в обязательном порядке утверждался Константинопольским патриархом. Великий протопресвитер мог избираться как из числа духовенства, так и из мирян, но обязательно должен был быть выходцем из благородной семьи (например, известны шесть протопресвитеров из рода Вулгарисов). Выборы проходили каждые пять лет, но многие занимали эту должность пожизненно, потому что постоянно переизбирались. Кандидатуру утверждали байло Керкиры и генеральный проведитор Востока. Великий протопресвитер одобрял кандидатуры священников, которые затем рукополагались архиереями Янины или Кефалинии (официально эта практика зафиксирована в 1389 г.; латинские архиепископы помимо претензий на право хиротонии периодически требовали принесения им присяги). Великий протопресвитер носил шёлковые красные облачения и имел серебряный пасторский жезл с шаром и крестом; совершал богослужение архиерейским чином, используя дикирий и трикирий. Попытка керкирцев в 1582 г. добиться назначения на остров хорепископа не увенчалась успехом. В 1533 г. в живых остались только шесть представителей «Священного ордена» из 33. В 1535 г. байло Керкиры С. Леоне решил сократить их число с 33 до 20 и созвать для избрания недостающих 14 клириков всё православное духовенство острова. Из 20 членов только двое должны были быть избраны из числа благородных, а остальные – из горожан, однако на практике это правило не соблюдалось. Например, в 1675 г., во время избрания великим протопресвитером Христодула Вулгариса, десять членов Ордена происходили из семей, записанных в «Золотую книгу», включавшую знатные фамилии. По приказу генерального проведитора Джироламо Корнаро (1684 г.) вакантные места в Ордене должны были замещаться по решению смешанного совета духовенства и 30 знатных мирян, запрещались членство в Ордене более чем двум представителям одной и той же семьи и вмешательство великого протопресвитера в работу Ордена (кроме права голоса). В 1749 г. генеральный проведитор М.А. Каналли повторно издал закон, согласно которому все члены Ордена, кроме двух, должны происходить из народного сословия (ordine popolare). Глава Ордена в венецианский период именовался приором. Орден назначал пять человек на должности сакеллария, экклисиарха, архимандрита, архивариуса и архонта монастырей. На Керкире была актуальной проблема смешанных браков. На Тридентском соборе (1545–1563 гг.) были разрешены смешанные браки, несмотря на требования латинских епископов Керкиры запретить их из-за угрозы перехода католиков в православие. Эти опасения были небезосновательными (например, в 1602 г. байло Керкиры Леонардо Джулиан отмечал наличие в керкирском Совете благородных множества семей итальянского происхождения, которые в результате смешанных браков перешли в православие). Согласно указу папы Римского Климента VIII (1595 г.), католички, вступившие в брак с православными, могли сохранять свою веру, а православные девушки, вышедшие замуж за католиков, должны были принять католицизм.