В 1653–1654 гг. Я.А. Коменский завершил работу над учебником «Мир чувственных вещей в картинках» («Orbis sensualium pictus», 1658 г.). Иллюстрации к книге автор сделал собственноручно. В то время активизация памяти с помощью образов, направленных на эмоциональное восприятие, и формирование ассоциативных связей были новыми и оригинальными приёмами обучения. Так, Игорь Сергеевич Дмитриев отмечает, что Я.А. Коменский, описывая те или иные растения или животных, упоминает не только о внешнем их строении и прочем, но и о культовой их роли, о связанных с ними поверьях, обычаях, аллегориях, ритуальных практиках и т.п. Фактически текст Я.А. Коменского «напоминает ренессансные комментарии к произведениям Овидия, Вергилия и Гомера». «Мир чувственных вещей» являлся упрощённым вариантом книги «Открытая дверь языков» и первой удачной попыткой создания учебника на основе психологических принципов (этот учебник использовался в Европе до второй половины XIX в.). Я.А. Коменский составил также учебную книгу «Школа-игра» («Schola-ludus», 1656 г.), которая представляла собой ту же «Открытую дверь языков», но переработанную для постановки на сцене школьного театра, что позволяло сделать процесс обучения ещё более интересным. Венгерский период (четыре года) был одним из самых плодотворных в жизни Я.А. Коменского. Практическая работа в гимназии в значительной степени помогла ему теоретически разработать различные вопросы педагогики. Я.А. Коменскому не удалось полностью перестроить гимназию в соответствии с идеями, изложенными в сочинении «Пансофическая школа» («Schola Pansophica», 1650 г.), но он сумел открыть три по-новому организованных класса, обучение в которых велось по его учебникам и в духе его дидактической концепции. В 1654 г. по просьбе общины Я.А. Коменский в последний раз вернулся в Лешно. В апреле 1656 г. шведский гарнизон из 150 солдат в сопровождении 300 виднейших жителей города отступил, и Лешно захватили поляки. Я.А. Коменский лишился своей библиотеки, но сумел вывезти семью, и в августе 1656 г. приехал в Амстердам, где провёл оставшиеся годы жизни. Под влиянием этих событий у Я.А. Коменского вновь проснулись хилиастические ожидания, и в 1657 г. он опубликовал на латинском языке книгу «Свет во тьме» («Lux in tenebris»), в которой собрал и интерпретировал пророчества Криштофа Коттера, Кристины Понятовской и Микулаша Драбика о скором конце антихриста и его слуг, т.е. папы Римского и династии Габсбургов. В том же году по решению магистрата было издано «Полное собрание дидактических сочинений» («Opera didactica omnia», 1657 г.) Я.А. Коменского в четырёх частях. В 1663 г. был опубликован и окончательный вариант сочинения «Лабиринт света и Рай сердца». В Амстердаме Я.А. Коменский много работал над завершением начатого ещё в 1644 г. «Всеобщего совета человеческому роду об улучшении человеческих дел» («De rerum humanarum emendatione consultati catholica ad genus humanum», 1666 г.), книга стала итогом его философско-педагогических и общественных планов по исправлению общества.