Между тем в Богемском королевстве разгорался острейший религиозный и политический конфликт, который дал толчок началу кровопролитной Тридцатилетней войны в Европе. Весной 1618 г. чешские протестанты всех сословий подняли в Праге восстание против владевших их страной австрийских Габсбургов. В 1620 г. после поражения повстанцев в битве у Белой горы под Прагой, нанесённого им войсками Фердинанда II, восстание было жестоко подавлено. Начались преследования протестантов, на Я.А. Коменского был выписан ордер об аресте, и он был вынужден покинуть Моравию, найдя приют в чешских владениях своего давнего покровителя Карела из Жеротина близ городка Брандис-над-Орлици. В 1621 г. в Фульнеке католики сожгли дом ЯА. Коменского вместе с библиотекой, в которой хранилось много ценных рукописей, а в 1622 г. умерли от чумы его жена и два сына. ЯА. Коменский нашёл утешение в вере и литературном труде. В 1623 г. закончил первый вариант сочинения «Лабиринт света и Рай сердца» и начал подписывать свои труды сначала по-чешски Komenský, а затем на латыни – Comenius. В 1624 г. Я.А. Коменский познакомился с дочерью епископа чешских братьев Яна Кирилла, Марией Доротеей Кирилловой, и в сентябре того же года женился на ней. Весной 1625 г. Я.А. Коменского послали в Польшу для выяснения, возможно ли чешским братьям получить убежище в этой стране. Летом 1626 г. ЯА. Коменский с женой и тестем переехал в Северо-Восточную Богемию и поселился в замке чешского помещика Иржи Садовского, в Била-Тршемешне. Императорские эдикты 1624 и 1627 гг., в соответствии с которыми всем чешским протестантам было под страхом смертной казни предписано перейти в католицизм или покинуть страну (первый указ касался дворян, второй – всех остальных сословий), сделали невозможным дальнейшее пребывание Я.А. Коменского на родине. В 1628 г. Я.А. Коменский с женой и новорождённым сыном (как и другие 30 тыс. семей протестантов) эмигрировал в Польшу. 13 лет он вместе с другими членами братской общины жил в польском городке Лешно и преподавал в братской школе. Анализируя собственный педагогический опыт, Я.А. Коменский пришёл к убеждению, что устранить недостатки общества можно лишь путём совершенствования системы воспитания и образования. Роль образования состоит в содействии гармоничному развитию человека и совершенствовании общества. Обучение, по его мнению, не сводится только к пользе конкретного человека, оно должно служить всему обществу. Так, в трактате «О развитии природных дарований» Я.А. Коменский писал: «Если ты присмотришься к порядку, господствующему в духовных общественных и частных делах у хорошо образованного народа, там всё идёт, как часы… У варваров же всё похоже на развязанный сноп или песок без цемента». Теорию всеобщего универсального образования он изложил в «Дидактике», созданной на чешском языке (1628–1630 гг., опубликовано в 1849 г.). В 1631–1632 гг. Я.А. Коменский переработал «Дидактику», назвав её «Рай церкви, или рай чешский», и сделал составной частью первого проекта реформы образования и воспитания в Богемии; он предполагал также в дополнение к «Дидактике» создать учебники и методическую литературу. До конца Я.А. Коменский завершил лишь «Информаторий материнской школы», став, таким образом, создателем первой теории дошкольного воспитания. Впоследствии неоднократно перерабатывавшаяся «Дидактика» получила известность как «Великая дидактика» («Didactica magna»).