В 1648 г. Я.А. Коменского избрали епископом общины, и он на два года возвратился в Лешно. В том же году умерла его жена, оставив ему четверых детей, младшему из которых было всего два года. В 1649 г. Я.А. Коменский женился на Яне (Йогане) Гаюсовой, дочери протестантского пастора. Вестфальский мирный договор положил конец Тридцатилетней войне и окончательно лишил чешских протестантов надежды вернуться на родину, поэтому в 1650 г. Я.А. Коменский на синоде в Лешно распустил возглавляемую им церковь, адресуя осиротевшим единоверцам и соотечественникам аллегорическое завещание под названием «Завет умирающей матери общины братской». Он видел в кончине церкви чешских братьев общую судьбу всех людей, царств и церквей: «В наше время происходит много перемен, наступает новая эпоха, Бог желает обновить формы земной жизни. Община послужила воле Божьей, теперь Бог допустил её изгнание из родной земли – за грехи. Перед смертью Церковь-мать хочет разделить своё духовное богатство и опыт между своими детьми и друзьями: верным детям – надежду на Вечное царство, неверным – плач и покаяние. Она советует проповедникам служить Христу, где можете, в любой протестантской церкви, которая согласится вас принять, а верующим – «присоединиться к общине, в которой увидят истину Христова Евангелия, молиться за мир для неё и заботиться о её возрастании в добре, даря другим свет как добрым примером, так и искренними молитвами, чтобы улёгся Божий гнев на христиан. Отдельным церквам она передаёт собственный духовный опыт, но также критику и советы. Чешскому народу оставляет своё духовное наследие, сохранённое в тяжёлые времена и умноженное трудами её сыновей». Я.А. Коменский не видел будущего для чешских братьев, но верил в будущее чешского народа. Церковь оставляет потомкам «любовь к чистой правде Божьей, что нам первым среди прочих народов начинал являть Господь устами учителя нашего Гуса», и главнейшее достояние – «Кралицкую Библию». Я.А. Коменский завещал потомкам от имени общины «заботы о чистоте и блеске и возделывании нашего возлюбленного и дивного отечественного языка – в чём были особым тщанием славны сыны мои в прежние времена, когда говаривали мудрые, что нет лучше чешского языка, нежели у братьев в книгах их» (из этого перечисления исследователям становятся ясными и приоритеты самого автора). В завершение он упоминает о необходимости сохранения братских школ: «Потрудились иные мои сыны и изобрели для лучшего обучения юношей метод, который начали перенимать остальные народы, невзирая на исповедание их». В 1650 г. Я.А. Коменский получил приглашение Трансильванского князя Сигизмунда Ракоци, который покровительствовал осевшим в Венгрии остаткам общины чешских братьев, перебраться в Шарошпатак для работы в протестантской кальвинистской гимназии. В 1651 г. Я.А. Коменский в Трансильвании обвенчал князя Ракоци и принцессу Генриетту Марию, дочь Фридриха Пфальцского и Елизаветы Стюарт. С его точки зрения, она была наследницей чешского трона. Князю Ракоци он посвятил сочинение «Счастье народа» («Gentis felicitas», 1654 г.).