К тому времени И.Г. Альстед опубликовал получившую широкую известность работу «Panacea philosophica» (1610 г.). Он считал, что изучение природы должно происходить с помощью наблюдений и опытов и служить на благо человека. Совокупность проведённых опытов создаёт индукцию, являющуюся основой науки. Эти передовые для своего времени идеи оказали влияние на взгляды Я.А. Коменского. Вскоре он приобрёл известность как талантливый студент, и его научные интересы охватывали многие отрасли знания. В 1613 г. он сделал записи к одному из диспутов и назвал их «Спорные вопросы, собранные в саду философии». Основным стал вопрос об источниках и путях познания. Эта же тема интересовала его и в работе «Берёт ли всякое познание исток из ощущения?». И.Г. Альстед и Иоганн Пискатор были сторонниками хиллиазма, который понимали как тысячелетнее Царство Христа на земле, когда будут утверждены равенство и счастье каждого человека, благоденствие и добро. Я.А. Коменскому были близки эти воззрения. В тот же период он ознакомился и с манифестом розенкрейцеров, которые заявили, что намерены переустроить мир на принципах всеобщей гармонии и справедливости, и с трудами Иоганна Валентина Андреэ – автора «Химической свадьбы Христиана Розенкрейца». Скорее всего, как полагают исследователи, пансофические идеи появились у Я.А. Коменского в период учёбы в Херборнской академии. Здесь он написал отдельные главы к запланированной в объёме 28 томов работе «Зрелище вселенной» статью «Сокровища чешского языка», под руководством И.Г. Альстеда занялся изучением педагогических сочинений и окончательно решил посвятить себя созданию новой системы обучения и воспитания, т.к. полагал, что, только образовывая и воспитывая человека, можно «построить благоустроенное государство и хозяйственные системы». Я.А. Коменский сформулировал для себя три основных принципа деятельности: максимально полно освоить новые знания и открытия; подчинить необъятные масштабы событий определённой системе, а точнее вывести определённую систему; при всей разнородности познаваемого «материала» прийти в его понимании к общей гармонии, которая должна была устранить противоречие между научным познанием и истиной, «явленной в Священном Писании». В 1613 г. Я.А. Коменский закончил обучение в Херборне и с рекомендательным письмом от Иоганна Пискатора прибыл в Гейдельбергский университет к профессору Давиду Пареусу. Здесь он стал свидетелем празднеств в честь свадьбы Фридриха Пфальцского и Елизаветы Стюарт, дочери английского короля Якова I. Весной 1614 г. Я.А. Коменский вернулся в свою общину в Моравии и был назначен главой братской школы в Прешрове. Он с большим увлечением работал в школе, много делая для того, чтобы облегчить обучение, и писал «Правила более лёгкой грамматики». В 1618 г. Я.А. Коменский прошёл ординацию и был отправлен как проповедник и учитель в город Фульнек; в июне 1619 г. женился на Магдалене Визовской, которая во всём ему помогала. Я.А. Коменский много сделал для улучшения жизни населения Фульнека, особенно бедняков, и внёс большие изменения в работу школы. Уже в этот период он занялся сбором материалов для будущих педагогических и общефилософских трудов, а кроме того, написал первое из своих литературных сочинений – «Послания на небеса» (1619 г.).