«Я полагал, – писал Я.А. Коменский, – что будет очень полезной некая универсальная книга, которая бы сама преподносила всё необходимое таким образом, чтобы ничто не могло остаться нераскрытым. При этом в такой последовательности от начала до конца, чтобы одно не заслоняло другое, чтобы каждый предмет был освещён всесторонне и потому правильно виделся и понимался… Я начал надеяться, что такая книга, если бы её удалось составить надлежащим образом, будет неким всеобщим противоядием от незнания, хаоса, призраков и ошибок». Однако во время работы над «Пансофией» Я.А. Коменский постепенно пришёл к мысли о том, что не может ограничиться только собранием отдельных фактов и сведений, необходимо абсолютно новое видение целого, соответствующее живой действительности, способное к постоянному обновлению и расширению; он неоднократно повторял: основа пансофии – в единстве истины, добра и блага. Мир в понимании Я.А. Коменского «был создан и создаётся с тем, чтобы он стал видимым знамением Божьего замысла, чтобы возникло пространство для высокой роли человека». «Физика и теология природы» в его сочинениях «существуют в своей неделимости». Детерминированность плана Я.А. Коменского особо ярко проявляется в таких положениях, как, например, в высказывании о звёздах, созданных в бесконечном количестве именно для того, чтобы они могли согревать землю, что «тепло и холод – это противоположные гири, с помощью которых Господь держит в постоянном движении механизм этого всеобщего движения». Я.А. Коменский не раз подчёркивал, что существует лишь единый мир, созданный для вершины творения – человека «на основе чисел, мер и весов в течение шести дней, как об этом свидетельствует Библия, причём Бог и в дальнейшем им управляет, ибо Бог – это центр всего существующего». В то же время Я.А. Коменский предостерегал от увлечения крайностями – рационализмом и «библицизмом», т.е. доверять только библейскому тексту недостаточно (Библия не учебник натурфилософии), тогда как и доверие исключительно чувственному опыту и разуму ведёт к ошибкам. Это предостережение Я.А. Коменского особенно ярко проявилось в его «Письмах против социниан»; в них он обосновывал принципиальные возражения против изучения Священного Писания исключительно с позиций рационализма и стремления руководствоваться лишь теми фрагментами текста, которые понятны человеческому разуму. Для истинного познания и достижения мудрости Я.А. Коменский предлагал по-новому осмыслить традиционные координаты «упорядоченного понимания», т.е. Единое, Благое, Истинное (Unum, Bonum, Verum). Такой подход к «упорядоченному пониманию» основан на представлении о формировании мудрости, изложенном Августином Блаженным в трактате «О христианской науке», и на понятии о «семи ступенях мудрости», введённом позже Алкуином: страх перед Богом; благочестие и сострадание к ближним; знание, как употреблять это сострадание и подкреплять его правосудием; мужество, которое позволяет действовать и защищать свои убеждения; рассудительность, которая даёт возможность уберечься от пороков и даёт понимание того, как можно избавиться от зла и осуществить добро; мудрость, которая представляет собой упорядоченное понимание.