Ещё в одном стихотворении, «Платонизирующий Демокрит», созданном под впечатлением от знакомства с философией Р. Декарта, Г. Мор предпринимал попытку истолковать картезианство в духе платонизма, постулируя существование «духовной субстанции», лежащей в основе пространства, времени, жизни и всякой активности. В 1650–1660 гг. Г. Мор создал значительное число трактатов философской и теософской тематики. В сочинении «Противоядие против атеизма» (1653 г.) он предлагал доказательства бытия Божия; наряду с внутренними (самоанализ человека) и внешними (анализ гармоничности миропорядка) доказательствами важным дополнительным подтверждением истинности религии он считал засвидетельствованные чудеса, знамения и предсказания, в которых видел зримое проявление божественной силы. Увлечение Г. Мора герметизмом и каббалистикой нашло отражение в сочинении «Каббалистическое размышление, а также Защита тройной каббалы» (1653 г.). Он пытался доказать, что каббала, понимаемая им как «тайное учение Моисея», содержит в скрытой форме более истинное знание о Боге, чем сочинения греческих философов Платона и Пифагора, которые, по его утверждению, почерпнули часть своего богословия из каббалы, однако не поняли до конца её смысла. Г. Мор толковал в терминах каббалистики три первые главы книги «Бытие», а также соотносил с каббалистикой взгляды древних философов: Платона, Пифагора, Плотина и Филона Александрийского (I в.). Трактат Г. Мора «Побеждённый энтузиазм» (1656 г.), опубликованный под псевдонимом, был посвящён критике теории непосредственного божественного откровения человеку, в котором его будто бы вдохновляет Святой Дух, открывающий ему истину. Выступая также против бывших популярными в это время идей квакеров, Г. Мор утверждал, что единственным верным путём поиска истины во всех областях, в том числе и в теологии, является соединение «принципов разума» с «чувственной очевидностью», и критиковал иррационализм. Важное место в творчестве Г. Мора занимает сочинение «Бессмертие души» (1659 г.), в котором он не только предлагал доказательство бессмертия души, основываясь на платоническом представлении о её нематериальности, но и излагал общую теорию взаимодействия духовных и материальных субстанций, полемизируя с материализмом Томаса Гоббса (1588–1679 гг.). Размышления Г. Мора о связи между философией и религией нашли отражение в сочинении «Объяснение великого таинства благочестия» (1660 г.). Г. Мор подчёркивал, что, хотя некоторые истины христианства известны только из откровения, философия является истинным способом богопознания, хотя и менее совершенным по сравнению с религией. Свои взгляды на природу морали и учение о принципах нравственной деятельности человека Г. Мор изложил в сочинении «Этический энхиридион» (1668 г.). В небольшом произведении «Божественные диалоги» (1668 г.) Г. Мор представил платоническое учение о Промысле Божьем и о христианской церкви. В частности, он утверждал, что даже в физическом мире движение материи определяется божественными принципами, и отвергал на этом основании механицизм Р. Декарта; предлагал объяснение существования зла в мире; критиковал устройство католической церкви и рассматривал Реформацию как процесс очищения церкви, которая призвана стать Царством Божьим на земле. Окончательное размежевание Г. Мора с философскими взглядами Р. Декарта и переход на позиции витализма засвидетельствованы в его последнем крупном философском трактате «Метафизический энхиридион» (1671 г.). Он утверждал, что все природные явления должны объясняться как проявления невидимых «жизненных сил», лежащих в основе мироздания и связывающих его с Творцом, Который есть источник пронизывающего всё мироздание духа природы.