Несмотря на то что Кирилл Скифопольский был антиоригенистом, он использовал при написании своих сочинений «Лавсаик» Палладия Еленопольского, который симпатизировал Оригену и был учеником Евагрия Понтийского. Кирилл Скифопольский неоднократно ссылается на «египетских отцов» или просто «отцов». По мнению Вильгельма Буссе, Кирилл Скифопольский был знаком с какой-то коллекцией апофтегм. Б. Флюзен обнаружил около 15 параллельных мест в сочинениях Кирилла Скифопольского и алфавитном собрании «Apophthegmata Patrum». Одним из источников, который широко использовал Кирилл Скифопольский, исследователи называют «Историю боголюбцев» Феодорита Кирского. Некоторые параллели исследователи обнаруживают в Житиях преподобных Евфимия и Саввы и «Слове подвижническом» Нила Анкирского. Описывая важные исторические события, Кирилл Скифопольский почти дословно цитирует документы, которыми пользовался: постановления пятого Вселенского собора (553 г.), письмо палестинских архимандритов императору Анастасию, письма Иерусалимского патриарха Илии императору Анастасию и отделившимся монахам. Исследователи не сомневаются, что Кирилл Скифопольский был знаком с актами Халкидонского собора. Во многих местах Жития преподобного Евфимия приводятся прямые цитаты из произведений императора св. Юстиниана, в частности, из «Исповедания веры» и эдикта против Оригена. По мнению М. Ришара, Кирилл Скифопольский, излагая историю оригенистских споров в Палестине, мог использовать сочинения самих оригенистов, например, письмо монахов Евлогия, Конона, Кириака и Панкратия, адресованное императору Юстиниану. Дискуссионным является вопрос использования Кириллом Скифопольским «Церковной истории» Феодора Чтеца, которая была составлена около 518 г. Параллели, существующие между «Церковной историей» и сочинениями Кирилла Скифопольского, по мнению исследователей, могут быть истолкованы двояко: либо Кирилл Скифопольский зависит от сочинения Феодора (гипотеза Г. Хансена), либо оба автора зависят от общего источника палестинского происхождения (предположение Б. Флюзена). Исследователи отмечают, что Кирилл Скифопольский уделяет большое внимание хронологии описываемых событий, а также весьма точен в топографических деталях. Следуя его описаниям, археологи смогли найти захоронения монастыря преподобного Евфимия, определить местоположение Новой лавры с руинами двух храмов на холме к юго-востоку от Текоа, обнаружить в пустыне тайное прибежище преподобного Кириака, называемое Сусаким. Кирилл Скифопольский в своих произведениях систематически не рассматривал богословские вопросы. Из немногих мест, касающихся триадологии и христологии, исследователи делают вывод, что он придерживался постановлений первых пяти Вселенских соборов. Э. Шварц и Б. Флюзен усматривают в христологических взглядах Кирилла Скифопольского зависимость от богословских сочинений императора Юстиниана. Главные персонажи Житий, написанных Кириллом Скифопольским, представлены как ревностные защитники православия в борьбе с партией монофизитов и с палестинскими монахами-оригенистами. Догматическая полемика периода, который охватывает Кирилл Скифопольский в своих сочинениях (от третьего до пятого Вселенского собора), не оставила равнодушными влиятельных игуменов палестинских монастырей.