Кирилл Скифопольский упоминает о двух важных событиях, которые произошли после смерти преподобного Саввы и были направлены против оригенистов: декрете императора Юстиниана 543 г. и пятом Вселенском соборе (553 г.). Монахи-оригенисты, не покаявшиеся после осуждения Оригена, были изгнаны Иерусалимским патриархом Евстохием из Новой лавры, в которую в 555 г. переселились 120 православных монахов, в том числе Кирилл Скифопольский. Это последнее и окончательное изгнание оригенистов, по мнению исследователей, рассматривалось Кириллом Скифопольским как одно из посмертных чудес преподобного Саввы, который и после кончины заботился о единстве палестинского монашества. По мнению Д. Хомбергена, есть основания сомневаться в объективности изложения Кирилла Скифопольского обстоятельств оригенистских споров VI в. Д. Хомберген вслед за Ф. Лоофсом усматривает прямую связь между так называемыми вторыми оригенистскими спорами и осуждением «Трёх Глав» пятым Вселенским собором. Сопоставляя сообщения Кирилла Скифопольского с данными других источников, исследователь пришёл к выводу, что Кирилл Скифопольский и близкая к нему монашеская партия первоначально критически относились к идее осуждения «Трёх Глав» (Феодора Мопсуестийского, Феодорита, епископа Кирского, и Ивы, епископа Эдесского), но затем согласились с политикой императора Юстиниана I в этом вопросе. В Житии преподобного Саввы Кирилл Скифопольский излагает ход событий с позиций официального богословия второй половины VI в., допуская при этом ряд анахронизмов. В Житии преподобного Кириака он повествует о своём посещении подвижника около 544 г. и о его резком осуждении Оригена. Причём в уста преподобного Кириака Кирилл Скифопольский влагает дословные цитаты из 15 анафематизмов против Оригена, принятых на пятом Вселенском соборе. Однако Кирилл Скифопольский умалчивает о важных фактах, предшествовавших Собору и касающихся осуждения «Трёх Глав»: в частности, ничего не говорит об эдикте императора Юстиниана 544 г. и о его неприятии на Востоке и Западе, а сам Собор 553 г. в его представлении был созван против оригенистов, а не против «Трёх Глав». Кирилл Скифопольский, по мнению исследователей, преувеличивает роль аввы Конона, преемника преподобного Саввы, в том, что Кирилл Скифопольский считает окончательной победой православия. Важным фактом исследователи считают полное молчание Кирилла Скифопольского о Феодорите Кирском, сочинения которого против Кирилла Александрийского были осуждены Собором 553 г. Феодорит, безусловно, был авторитетом для Кирилла Скифопольского, по крайней мере, как агиограф. Не зависящие от Кирилла Скифопольского латинские источники свидетельствуют, с одной стороны, о том, что бывшие «оригенисты» якобы с помощью интриг добились осуждения «Трёх Глав» эдиктом 544 г., как бы мстя за осуждение Оригена в 543 г. С другой стороны, есть свидетельства того, что антиоригенисты Палестины поддержали тех, кто противились осуждению «Трёх Глав», в частности римского диакона Пелагия, и развернули свою кампанию по дискредитации Оригена. Ряд перечисленных фактов, по мнению Д. Хомбергена, свидетельствует о том, что до пятого Вселенского собора Кирилл Скифопольский сочувствовал «Трём Главам», и их осуждение заставило его дистанцироваться, по крайней мере, от наиболее радикального представителя антиохийской богословской позиции – Феодора Мопсуестийского.