Значительный корпус арабских текстов, посвящённых Киру и Иоанну, распадается на две группы. К первой исследователи относят переводные памятники мелькитской (православной) традиции: перевод первого греческого Жития в рукописи Института востоковедения Российской Академии Наук (1770 г.); фрагмент Мученичества Кира и Иоанна и мученицы Афанасии с дочерьми из рукописи синайского происхождения рубежа IX и X вв.; описание чуда Кира и Иоанна в церкви, освящённой в их честь в Монемвасии, из рукописи XI в. (?); греческий оригинал исследователям неизвестен, сюжет которого имеет параллели в греческой агиографии. Вторая группа текстов представлена в позднесредневековых рукописях из собраний коптских церквей и монастырей. Эта группа включает три редакции Мученичества Кира и Иоанна. Первая, сохранившаяся в единственной рукописи из церкви св. Меркурия (Абу-Сайфайн) в Старом Каире (середина XVIII в.), близка к тексту первого греческого Жития, в частности, включает повествование о мученице Афанасии и её дочерях. В девяти других рукописях содержится иная версия Мученичества (в двух редакциях – пространной и краткой; древнейшая рукопись 1335 г. – перевод с коптского). Её отличительной чертой исследователи называют рассказ о культе псевдооракула языческого бога Каллиграфа в Александрии, за отказ от поклонения которому Кир и Иоанн были распяты за городскими воротами; мученица Афанасия и её дочери не упоминаются, но рассказывается о мученической кончине некоей язычницы, пострадавшей вслед за Киром и Иоанном. Во всех рукописях, содержащих вторую версию Мученичества, к ней примыкают описания чудес Кира и Иоанна (от 6 до 14); из них лишь шесть (в значительно переработанном виде) восходят к греческому собранию святителя Софрония Иерусалимского. Остальные тексты о чудесах, по мнению исследователей, имеют ряд общих черт: исцеленные являются жителями или уроженцами Александрии и её окрестностей; болезни преимущественно физические (заболевания внутренних органов, опухоль в голове, паралич, слепота); прослеживаются параллели с чудесами особо почитаемого в Египте великомученика Мины. Кроме того, одно из чудес связано с церковь апостола Марка, где первоначально находились мощи Кира и Иоанна, и повествует о строительстве неким богатым коммерсантом Юлием мартирия в честь этих святых в благодарность за полученное исцеление. Б. Рамез отождествил чудо об исцелении юной еврейки с коптскими фрагментами папируса VII–VIII вв. из египетской коллекции Государственных музеев Берлина. Об активном почитании Кира и Иоанна в этот период свидетельствует также фреска с изображением Кира, обнаруженная в 2001/2002 г. во втором слое (около 800 г.) росписей храма Пресвятой Богородицы в монастыре Сирийцев (Дейр-эс-Суриан) в Вади-эн-Натрун: Кир изображён вместе с Писентием, епископом Кебтским (VI – начало VII вв.). В большинстве копто-арабских рукописей Иоанн назван братом Кира, что, как полагают исследователи, является результатом смешения сведений о Кире и Иоанне и об одноимённых мучениках-братьях из Даманхура, память которых отмечается коптами 14 бауна (8 июня); иногда это смешение встречается и в научной литературе.