Один экземпляр книги Софроний оставил в качестве приношения в храме Кира и Иоанна. Во Вступлении излагаются план сочинения, классификация чудес и принципы их описания. Сборник состоит из трёх частей: 35 чудес, происшедших с александрийцами, 15 – с египтянами и ливийцами, 20 – с прибывшими из разных стран паломниками. Полный текст, содержащий сведения о 70 чудесах, сохранился в рукописи 1607 г. (в другой рукописи содержится выборка из 15 чудес). В сочинении Софрония речь идёт, в основном, об исцелении увечий (переломов), врождённых пороков, глазных, желудочных, кожных болезней, рака, паралича, водянки, а также недугов, вызванных магией или действием нечистых духов. Как правило, Кир и Иоанн являлись страждущим во сне и указывали средства, излечивающие болезни, при этом многие получали исцеление после молитвы святым или посещения храма, посвящённого им; иногда паломники проводили там по несколько дней, месяцев или даже лет. Таким образом, сочинение Софрония является важным историческим и агиографическим источником, свидетельствующим о трансформации античной традиции инкубации в христианской среде. Кроме того, среди чудес упоминаются исцеления бесноватых, спасение мучениками настоятеля храма Кира и Иоанна Христофора от кораблекрушения во время бури. Несколько чудес повествуют об исцелениях, благодаря которым еретики обратились в православие. По мнению исследователей, это говорит о том, что Софроний использовал данное сочинение в том числе и для борьбы против ересей монофизитства и моноэнергизма; в Чуде 70 автор описал собственное исцеление от глазной болезни. В Типиконе Великой церкви (IX–XI вв.) и в Синаксаре Константинопольской церкви (архетип X в.) Кир и Иоанн упоминаются дважды. Под 31 января отмечена память их кончины и говорится, что торжественная служба в честь мучеников совершалась в Константинополе в посвящённой им церкви в квартале Сфоракий (в Типиконе – Спаракий); при этом в Синаксаре указывается, что Кир был родом из Александрии, Иоанн – из Эдессы. Под 28 июня отмечена память перенесения мощей святых; сообщается, что оба мученика (а не только Кир) были целителями, их мощи обрели при императоре Аркадии (395–408 гг.) и Александрийском архиепископе Феофиле I; торжественная служба Киру и Иоанну в этот день совершалась в церкви в Аркадианах. Под 12 ноября в обоих источниках указывается празднование обновления часовни аввы Кира. В латинском описании святынь Константинополя XII в. (Аноним Меркати) упоминается, что мощи Кира и Иоанна хранились в монастыре, построенном в честь этих святых возле монастыря праведного Лазаря, и в монастыре Пресвятой Богородицы Триаконтафиллос. Около 1200 г. Антоний Новгородец видел честные главы Кира и Иоанна в храме Святой Софии в Константинополе. В настоящее время частицы мощей Кира и Иоанна хранятся во многих монастырях Греции, в том числе на Афоне – в Зографе, Кастамоните, Великой Лавре и Пантократоре, на Пелопоннесе – в Агия-Лавре и Мега-Спилео, на Патмосе – в монастыре апостола Иоанна Богослова, а также на Кипре – в Киккском монастыре. Между 654 и 704 гг. архидиакон Бонифаций перевёл на латинский язык Панегирик в честь Кира и Иоанна святителя Софрония и 12 первых чудес из его собрания.